Корпус по южной линии начали строить в еще в 1725 по проекту арх. Т.Швертфегера, с 1742 г. строительство продолжил П. А. Трезини, а после его отъезда из России , закнчил Иван Росси. Двухэтажную церковь, симметричную Благовещенской заложили 9 августа 1745 г. В 1755-1761 гг. по проекту арх. М. Д. Расторгуева к ней пристроили лестницу.
В июне 1766 г. архиепископ Гавриил обратился к Екатерине II с ходатайством о разрешении монастырской братии переселиться в новопостроенные каменные келии, освятить церкви в флигеле в симметрию с теми в которых совершается служба (Благовещенская и Александро-Невская), а для этого поставить в них иконостасы - в верхнюю Феодоровскую, имеющийся при Священном Синоде Кенигсбергский иконостас, а в нижнюю Злотоустовскую поставить готовый, а если такового нет, изготовить новый. Это было сделано и в феврале 1767 г. церкви были готовы к освящению. Иконостас Златоустовской церкви был написан в 1766 г. «находящемся при Святейшем Правительствующем Синоде живописцем» Алекеем Антроповым, он же и раскрашивал иконостас. Было написано 18 образов. Кроме того Антроповым были написаны в нижнюю церковь местный образ св. Иоанна Златоуста, а в алтарь - Господа Савоафа. В верхнюю церковь Антропов написал местный образ св. благоверного князя Феодора Новгородского. Обе церкви были освящены в 1770 г. Федоровский корпус в первом флигеле имел в верхнем этаже 13 покоев, во втором флигеле – 14, в третьем в нижнем этаже – 2. Рефетория сквозная в два аппартамента. Во всех трех линиях галерея.
В 1840 г. был переделан иконостас и сделана роспись храма в Феодоровской церкви. Работы были завершены в 1842 г. 17 сентября церковь была вновь освящена во имя св. Николая Мирликийского. На горнем месте было изображено сказание 4-й главы Апокалипсиса,, на потолке храма – всевидящее око, окруженное четырьмя рядами херувимос. По стенам храма была сделана роспись из евангельских событий и изображения святых. В этом храме были размещены иконы, написанные академиком Антонелли в 1820-1821 гг. для Духовской церкви.
С 1840 г. стали переделывать и иконостас в Златоустовской церкви. Церковь вновь была освящена в 1842 г. уже во имя св. Феодора Новгородского. В алтарь была помещена икона Уверение Фомы, написанная Антонелли в 1821 г. для Духовской церкви.
В 1867 г. было произведено обновление Феодоровской церкви: были переделаны Царские врата и иконостас.
Еще с 1806 г. в нижнем храме начали проводить захоронения. Здесь были погребены грузинские и имеретинские царевичи, умершие в Петербурге, а так же граф С. Г. Строганов. Эти захоронения не сохранились.
5 октября 1889 г. по представлению Духовного Собора, митрополитом была разрешена постройка усыпальницы-палатки для погребений при Феодоровской церкви по проекту епархиального архитектора Г. И. Карпова. Ее размер 14 на 10 сажень (1 сажень - 2,1336 м), на 167 двухъярусных могильных мест. Ввиду обширности сооружения было решено палатку устроить церковью. Храм освятили во имя прп. Исидора Палусиота, чин освящения совершил 6 октября 1891 г. митрополит Исидор. В этой церкви было произведено более 150 захоронений, в большинстве архиереев и и церковных деятелей. Здесь же были похоронены математик И. А. Вышеградский, писатель князь В. П. Мещерский.
С октября 1930 г. Феодоровская церковь не действовала, но окончательно была закрыта постановлением Президиума Ленсовета от 2 сентября 1931 г., спустя три месяца закрыли и Исидоровскую церковь. В здании устроили гараж. Прах митрополитов Исидора и Палладия перенесли на Никольское кладбище, остальные захоронения уничтожили.
Литература: С.Г. Рункевич. Александро-Невская Лавра 1713-1913. Историческое исследование. – СПб, 1913. В. В. Антонов, А.В. Кобак. Святыни Санкт-Петербурга. Энциклопедия христианских храмов. – СПб., Лики России, Спас, 2010. 3-е издание.