В 1861 году участок земли между монастырем и Невой был отведён под кладбище. Это было третье по счёту кладбище лавры. По первоначальному плану здесь предполагалось разбить сад, но монастырь очень нуждался в месте для захоронений. Первое упоминание о захоронении на "засоборным" (как оно тогда называлось), кладбищем было в сентябре 1863 года, когда на нём похоронили вдову бывшего служителя Сергея Тимофеева. С 1877 г. кладбище в лавре стало называться Никольским, по имени церкви святителя Николая. На территории кладбища располагается пруд, вытянутый с севера на юг, планировка кладбищенских аллей была четкая и правильная. Главная дорожка ведёт от ворот, выходящих на набережную Невы, через мостик пруда к алтарной части Троицкого собора. Параллельно главной Никольской идут дорожки, пересекающие кладбище с запада на восток. Поперечные дорожки, числом 25, рассекают территорию от Монастырки до южной ограды. Продольная дорожка в северной части кладбища называется Архиерейской, в южной - Толиверовской. Таким образом, Никольское кладбище своей планировкой является частью общего лаврского архитектурного ансамбля.
В начале ХХ века территория кладбища была увеличена, затем, при реконструкции Невской набережной, сооружении путепровода и эстакады в головной части проспекта Обуховской обороны, когда сооружался в 1960-е г.г. мост Александра Невского, западная часть кладбища была сокращена. Однако чёткая когда-то планировка его прослеживается до сих пор.
Это было одно из самых дорогих и престижных кладбищ Санкт-Петербурга. Здесь были похоронены адмирал Г. И. Бутаков, герой Порт-Артура генерал Р. И. Кондратенко, писатели И. А. Гончаров и Д. Н. Мамин-Сибиряк, поэт А. Н. Апухтин, литературовед Ф. Д. Батюшков, издатель А. С. Суворин, художник К. Е. Маковский. Здесь хоронили первых русских авиаторов. Жертвам Первой мировой войны 1914-1918 г.г. была устроена братская могила на восточной стороне пруда (не сохранилась). В юго-восточной части был похоронен известный в начале XX века блаженный Матвей. Северо-западный участок кладбища предназначался для захоронений монашествующих. Этот участок до сих пор называется Братским кладбищем. В 1979 г. здесь был похоронен митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим, в 1988 г. на Братском участке установлен новый дубовый крест на могиле митрополита Антония (Вадковского) и кресты перезахороненным в 1932 г. из Исидоровской церкви митрополитам Исидору и Палладию; рядом стоит крест-кенотаф митрополиту Петроградскому Вениамину, расстрелянному в 1922 г.
В 1927 году советскими властями было принято решение о закрытии Никольского кладбища. В отличие от Лазаревского кладбища, музейное значение которого представлялось бесспорным, Никольское кладбище признали ненужным для советской власти. В 1930-е г.г. с него начали перенос захоронений в музейные некрополи: на Литераторские мостки Волковского кладбища (перенесён прах И. А. Гончарова, Д. Н. Мамина-Сибиряка, А. Н. Апухтина) и в соседний Некрополь мастеров искусств (перенесён прах актеров Н. Ф. Сазонова, П. М. Медведева, М. И. Писарева, П. А. Стрепетовой, В. Ф. Комиссаржевской, композитора А. Г. Рубинштейна, художника Б. М. Кустодиева и некоторые другие). Процесс этот был приостановлен войной, но в 1954 г. перезахоронения продолжились. Ряд могил начали подготавливать к переносу, но бросили забыли об этом и в настоящее время могилы эти полностью утеряны. Те захоронения, которые не подпадали под охрану, использовались для "добычи" ценного полированного камня, разграбливались мародёрами в поисках ценностей внутри захоронений.
Захоронения на Никольском кладбище было решено возобновить в 1970-е г.г. В 1978 г. здесь был похоронен генерал В. А. Яхонтов, незадолго до этого вернувшийся из эмиграции. Барон Э. А. Фальц-Фейн, живущий в Лихтенштейне, дал средства на восстановление памятника своим предкам адмиралам Епанчиным. Вблизи Никольской церкви - могила историка и этнографа Льва Николаевича Гумилева (1912-1992), на Никольском похоронен и первый мэр города А. А. Собчак. В настоящее время это единственное действующее место захоронения при Александро-Невской лавре.
Кладбищенская церковь, освящённая во имя Святителя Николая, была построена в 1868-1871 г.г. по проекту епархиального архитектора Г. И. Карпова. Эта одноглавый храм с луковичным куполом. Кубический объем со скошенными углами и поясом кокошников под кровлей водружен на высокий подклет с крыльцом, ведущим к входу. Под церковью была устроена усыпальница на средства семьи купца Н. И. Русанова. Также в дар церкви Н. И. Русановым были приобретены и принесены ризница и вся церковная утварь. В храме находилась чтимая икона Николая Чудотворца.
Церковь была закрыта 10 декабря 1932 г. Советские власти решили устроить в здании Никольской церкви крематорий. В 1934 г. здесь проходили испытания печи для сжигания трупов. Однако испытание не было успешным и церковь долгое время использовалась для складов и мастерских.
В начале мая 1985 г. она была вновь освящена после капитального ремонта и реставрации. Теперь в церкви проходит ранняя литургия.
http://palmernw.ru/lavra/lavra_nick.html