Пожар в Казани в 1815 году стал поводом для нового большого строительства в Ивановском монастыре в XIX веке. Казанцы собрали огромную сумму — 53 тысячи рублей для восстановления поврежденных строений, 5 тысяч рублей пожертвовал лично император Александр I. Под руководством специально созданной комиссии были капитально отреставрированы многие здания, в т. ч. и обновлены фрески собора главного собора Усекновения Главы Св. Иоанна Предтечи. Однако, собор из-за полученных повреждений в конце XIX века окончательно обветшал, к тому же небольшое помещение храма уже не вмещало увеличивающееся количество прихожан. Архиепископ Казанский и Свияжский Палладий (Раев) решил разобрать древний собор и построить его копию. Несмотря на то, что это решение вызвало протесты многих архитекторов, профессоров и казанской интеллигенции, требовавших сохранить памятник XVII века, архиепископ Палладий воплотил свою строительную инициативу в жизнь, и в 1887—1894 гг. был построен новый собор в честь Усекновения Главы Св. Иоанна Предтечи, повторяющий внешний облик и планировку храма XVII века, но в больших размерах (36х26 м вместо 30х19 м). В новом соборе было 5 престолов: наверху боковые приделы: свт. Иннокентия Иркутского и свт. Германа Казанского, на нижнем этаже два придела: во имя иконы Божией Матери «Всех Скорбящих радость» и во имя свв. Седми отроков, пострадавших в Эфессе. Изменилась планировка, вместо бесстолпной планировки древнего храма, в новом были установлены 4 мощных столпа, пол выложен мозаикой в византийском стиле. Сооружение храма обошлось почти 100000 рублей, только кирпичей было использовано более 2 млн. шт. Большая заслуга в сборе пожертвований на строительство всего монастыря принадлежит выдающемуся администратору игумену Экзакустодиану.

Собор был освящен 18 декабря 1899 г. и простоял до 30-х годов XX в.

По материалам:  книги «Описание Иоанно-Предтеченского мужского монастыря в городе Казани» составитель П. Азлецкий, Типография императорского университета, Казань- 1898, и сайта Татарстанской митрополии.