Точного года постройки храма Софийской церкви не известно. Во многих исторических документах упоминается конец 17 века. Каменная церковь на южных святых вратах Казанского Богородичного монастыря первоначально была освящена в честь св. Иоанна Богослова. По монастырским документам, она построена в 1807-1825 гг. (строительство прерывалось пожаром 1815 г.) по проекту архитектора Я.М. Шелковникова на средства дворян Мусиных-Пушкиных. Церковь планировалась как надвратная, но в 20-е годы ХIХ века была построена новая ограда и храм оказался в глубине монастыря. По мнению ученых Софийская церковь построена значительно раньше, чем датируется обычно. Вероятно, в конце XVII - начале XVIII вв. На это указывают ее архитектурные формы и декор, характерные для русского теремного стиля и барокко.

В начале XIX века она, скорее всего, подвергалась лишь частичной реконструкции. Во имя мученицы Софии и дочерей ее Веры, Надежды и Любови церковь была освящена, очевидно, в память о казанской игуменье Софии (в миру - княжна Любовь Борисовна Волховская), руководившей монастырем с 1795 года до своей смерти в 1807 году. При игуменье Софии в монастыре велись большие работы, были составлены планы, по которым монастырь отстраивался позднее. В 1798 году игуменья София принимала в качестве гостей императора Павла I и князя Александра Павловича (будущего императора Александра I), присутствовавших на закладке главного монастырского собора.

В советское время храм использовался как жилое помещение. С 1993 года был передан Казанской епархии и в настоящее время является действующим. В Софийской церкви установлен новый резной иконостас, среди икон особо почитается новый образ св. мученицы благоверной княгини Елизаветы. Почитаемая икона св. великой княгини Елизаветы содержит частицу ее мощей.

Церковь Надвратная Софийская самая ранняя из сохранившихся построек Богородицкого монастыря, возведена предположительно в конце 17 - начале 18 вв. Однако по официальным данным епархии, ее начали строить в 1807г. В 1815г. еще недостроенный храм сгорел. Обгоревшее здание достроили на средства казанских дворян Мусиных-Пушкиных и освятили в 1825г. В 1858г. была реконструирована главка церкви. Композиция двухъярусной церкви типична для аналогичных построек конца 17 - начала 18 вв. Нижний ярус первоначально представлял собой проездную арку. Наиболее ценный фасад нижнего яруса - со стороны двора, где сохранились следы арки и широких лопаток, упирающихся в ступенчатый карниз. Трехчастный фасад по ул.Большая Красная со спаренными пилястрами вместо широких лопаток - более поздний (вероятно был изменен в начале 19 в.). Над проездной аркой в центральной части находится основной объем храма в виде четверика, к которому с восточной стороны примыкает полукруглый алтарь, а с западной - гульбище (ныне заложено). Центральный объем четверика по фасаду расчленен на две равные части широкими лопатками, в каждой из которой расположен оконный проем, декорированный двухрядным наличником из дынек и трехчастным кокошником с завершением в виде креста. Четверик завершается шатровым покрытием с круглым барабаном, покрытым полусферическим куполом в центре и лучковой главкой с крестом на тонкой шейке. В интерьере сохранились своды с металлическими связями. Состояние удовлетворительное. Действующая церковь.

С сайта "Объекты культурного наследия" Министерства культуры Республики Татарстан.

Каменная церковь на южных святых воротах монастыря еще в конце XVII века освящена в честь св. Иоанна Богослова. Однако после пожара в 1815 г. надвратная церковь сильно пострадала, и в 1820 г. разобрана и вновь восстановлена трудами игуменьи Софии (княжны Болховской). В 1825 г. господа Пушкины пожертвовали 550 рублей на внутреннее устройство Софийской церкви. И уже в 1826 г. она была освящена в честь св. мцц. Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. В 1857 г. были вновь окрашены стены и крыша церкви, а через год в июле была поставлена новая глава храма взамен ветхой. 30 декабря 1863 г настоятельница монастыря игуменья Дорифея представила Казанскому архиепископу Афанасию проект «О разборе Софийского храма с трапезным корпусом за ветхостью и теснотою и постройкою нового двухэтажного корпуса с устройством в нем церкви во имя св. мц. Софии, общей трапезной и больницы». Однако, в связи с кончиной игуменьи Дорифеи и за неимением средств этот проект остался надолго неисполненным, а в последствии даже был кардинально изменен.

8 января 1866 г. игуменья Каллиста заявила строительному Комитету по постройке нового каменного корпуса, что «монастырь может только тогда приступить к означенной постройке, когда будет иметь на этот предмет, по крайней мере, половинное количество сметной суммы». Другой настоятельнице монастыря игуменье Анфие Указом от 16 октября 1867 г было предписано «употребить все зависящие меры к начатию столь необходимой для монастыря постройки, т. е. больничного корпуса с церковью и изысканию к тому средств». В виду того, что и новая настоятельница отозвалась неимением наличных денег на выполнение этого Указа, Духовная Консистория предписала строительному Комитету в марте 1870 г. приостановить свои действия. Деньги, оставшиеся от неудавшегося проекта, иг. Анфия передала на закупку воска для свечного завода, который находился на территории монастыря и приносил хороший доход. В 1883 г. игуменья Дорофея заменила предложенный в 1863 г проект о разборке Софийского храма с трапезным корпусом и справа от него начала постройку нового каменного корпуса с храмом в честь Воздвижения Креста Господня. Таким образом, надвратная Софийская церковь, в течение двадцати лет ожидающая реконструкции и сноса, вопреки всему простояла еще более сотни и стоит до сих пор.

Из брошюры А. Малов «Софийская надвратная церковь» КДС. - Казань, 2000 г.