Каменный храм построен в 1739 году вместо старой деревянной церкви постройки 1663 года, главный холодный престол был расположен на втором этаже, а на первом находился теплый зимний храм во имя Святителя и Чудотворца Николая.

Храм, выстроенный в стиле нарышкинского барокко, находится в полуразрушенном состоянии, хотя его композиция, в основном, сохранилась. Церковь Московских Чудотворцев всегда имела очень маленький приход (в начале XX века - около 80 человек), который составляли немногочисленные православные жители района, населенного, главным образом, мусульманами. Малочисленность прихожан и обусловила то, что храм был невелик, практически не перестраивался и часто находился в тяжелом материальном положении.

В 70-е годы XIX века старостой храма был известный казанский архитектор Петр Иванович Романов. В 1897 году старостой был избран купец Сергей Андреевич Землянов. При нем и в основном на его средства храм был отремонтирован. 

В 1898 году у ограды выстроена часовня в память Александра III, и сейчас стоящая на улице Кирова. Сохранилось и здание, в котором жил причт и помещалась церковно-приходская школа (сейчас здесь детский сад). Во второй половине XIX-начале XX веков. епархиальные власти, как правило, назначали в храм Московских чудотворцев тех священников, которые одновременно занимали какие-то другие, педагогические или административные должности, имея в виду, что столь маленький приход не давал средств к существованию, но, с другой стороны, и не требовал большого труда со стороны священника. Так, Кронид Петрович Веселицкий, служивший в храме в 1902-1912 годах, одновременно был законоучителем женских гимназий, а его преемник Дмитрий Иванович Царевский являлся казначеем Епархиального училищного совета. Д.И. Царевский служил в храме вплоть до его закрытия в 1929 году. 

В Гражданскую войну во время уличных боев в купол колокольни попал артиллерийский снаряд и разрушил купол и часть колокольни. В советское время в Настоятельском корпусе располагался детский сад.

С сайта Раифского Богородицкого мужского монастыря.

Каменная церковь Московских Чудотворцев построена в 1739г. вместо деревянной церкви постройки 1663г., главный холодный престол был расположен на втором этаже, а на первом находился теплый зимний храм во имя Святителя и Чудотворца Николая. Храм, выстроенный в стиле нарышкинского барокко, находится в полуразрушенном состоянии. В настоящее время сохранилась пятиярусная колокольня в глубине квартала. Она возведена с северо-западной стороны от основного, частично сохранившегося, объема церкви. Стены колокольни выполнены из красного кирпича на известковом растворе. Угловые части двух нижних ярусов выделены широкими лопатками, упирающимися в ступенчатый карниз. Помещение 2-го яруса освещено небольшими окошками лучковой формы и отделано каменным наличником. Три верхних яруса имеют форму восьмигранных призм (два нижних по размеру одинаковы). Они, как и два нижних яруса, обработаны плоскими угловыми лопатками. Четыре грани 3-го яруса имеет небольшие окошки, освещающие внутренние помещения. Четвертый ярус - звонница. Она решена в виде открытой площадки освещенной со всех сторон большими лучковыми проемами, объединенными металлическими стяжками. Верхняя часть колокольни была увенчана главкой на тонкой «шейке» (ныне утрачена). Вход в колокольню расположен с северо-восточной стороны. Образец культовой русской архитектуры конца 17 начала 18 в. построена в стиле московского барокко. Состояние удовлетворительное, передана в собственность администрации Москвы.

С сайта "Объекты культурного наследия" Министерства культуры Республики Татарстан.

Весной 1929 года встал вопрос о закрытии церкви Московских Чудотворцев, однако Госакадемия Истории Материальной Культуры уведомила, что данная церковь представляет интерес с архитектурной стороны, по этой причине уничтожение церкви хотя бы на год следует отложить, сохранив ее «до полного изучения». Вся документация была отправлена в центр, и тем не менее, вершители судеб в октябре 1929 года утвердили приговор о закрытии церкви. Лишив общину здания, НКВД формально завершил дело. Прошел месяц, и пустовавшая церковь привлекла внимание строителей валяно-обувной фабрики Татпромстроя, которые стали требовать передачу культового здания под школу фабзавуч союза строителей.

Орготдел ЦИКа Татарской Республики решил повременить с уничтожением церкви и занять ее не школой союза строителей, а складом Союзхлеба. И все-таки в марте 1932 года председатель КГС предложил начальнику конторы КЖСтроя «немедленно приступить к разбору» нескольких церквей, в т. ч. и церкви Московских чудотворцев. Но учитывая, что она еще была занята Союзхлебом, работы начали именно с колокольни, однако не столь активно, поэтому-то, и осталась она до наших дней полуразрушенной. 1933 год - год окончательного разрушения самого здания храма. Долгое время в нетронутом настоятельском корпусе располагался детский сад, а в сентябре 2000 года все, что осталось от церкви Московских чудотворцев, было передано под подворье Раифского монастыря.

Из альманаха «Православный Собеседник» №1 (16) 2008 г: В. Мухин «История закрытия храмов и монастырей в г. Казани в 20-30 годы ХХ столетия». - Казань, изд-во КДС, 2008 г.