Первый деревянный храм в честь Боголюбской иконы Божией Матери был построен в Петровском монастыре в 1382 году по указу святого благоверного князя Димитрия Донского. В начале XVI века на этом месте был построен деревянный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
Каменный Боголюбский собор был построен в 1684–1690-х годах в стиле раннего нарышкинского (московского) барокко решением царицы Натальи Кирилловны и юного царя Петра над могилами дядьев будущего императора - Ивана и Афанасия Нарышкиных, убитых во время стрелецкого бунта 1682 г. Позже храм стал местом упокоении более 20 представителей рода Нарышкиных, в том числе деда и бабки Петра I.
В 1812 году храм был осквернен французами. Некоторые надгробия Нарышкиных были разбиты, убранство разграблено. После освобождения Москвы храм был восстановлен в былом величии.
После революционных событий именно Боголюбский храм долгое время оставался единственным действующим храмом в обители. В 1924–1929 годах богослужения в храме совершались общиной Высоко-Петровского монастыря, существовавшей в те годы втайне от властей.
В 1929 году храм был закрыт московскими властями, затем - разграблен. Шедевры русского иконописного искусства были сожжены во дворе монастыря, надгробия Нарышкиных выброшены на улицу, ценная богослужебная утварь пошла на лом. В советское время в храме располагались различные учреждения, деятельность которых привела здание в состояние, близкое к критическому.
С началом процесса возвращения строений монастыря Русской Православной Церкви храм Боголюбской иконы Божий Матери был передан Церкви в изуродованном виде, как и все остальные постройки. До настоящего времени богослужения в храме не совершались.
21 декабря 2013 года в Боголюбском храме Высоко-Петровского мужского монастыря состоялось первое богослужение за 84 года со дня его закрытия большевиками.
Источник: foma.ru и сайт Высоко-Петровского монастыря