Спасский собор Спасо-Прилуцкого монастыря, построенный в 1537-42 годах является первым каменным храмом не только в самом монастыре, но и во всей Вологде (знаменитый Софийский собор строился несколькими десятилетиями позже, в 1568-70 годах). До 1537 года на месте нынешнего Спасского собора стоял одноимённый деревянный собор. Деревянный храм во имя Всемилостивого Спаса и праздника Происхождения Честных Древ Животворящего Креста возвёл на месте, выбранном им для устройства монастыря, ещё прп. Димитрий Прилуцкий. Когда деревянный собор сгорел, решено было, с благословения митрополита Московского Даниила, построить каменный. Строительство двигалось довольно быстро благодаря той поддержке, которую оказывали монастырю из Москвы. Так, в 1541 году великий князь-отрок Иоанн (впоследствии Грозный) освободил обитель от пошлин, чтобы возведение соборного храма могло быть окончено как можно скорее. После завершения строительства Иоанн посетил Спасо-Прилуцкий монастырь и одобрил новый собор.
По типу своему Спасский собор напоминает московские храмы ХVI века и благодаря своим внушительным размерам доминирует над всеми монастырскими постройками. "Столичное происхождение подобного типа соборного храма бесспорно. Москва стремилась в это время утвердить на Севере свои архитектурные формы как общерусские, противопоставив им различным, в частности новгородским, влияниям. Спасский собор - один из лучших образцов этого направления, выразившего торжество и величие централизованного Русского государства" - писал искусствовед, историк архитектуры Георгий Квескентьевич Лукомский. Основное отличие от других московских сооружений того времени - лаконизм и супость обработки фасадов: лёгкие удвоенные полочки-уступы на лопатках, простой карниз с раскреповками, оконные проёмы без наличников. В сущности, декорированы узорчатыми кирпичными "поясами" лишь барабаны глав. Верхние части барабанов глав имеют более разнообразный, но типичный для храмов Севера кон. ХV - нач. ХVI века декор (аналогичные примеры встречаются в Кирилло-Белозёрском и Ферапонтове монастырях): ряды килевидных арочек, прямоугольных нишек и бегунца, которые на центральном барабане дополнены кирпичными балясинами и лентой поребрика. Собор освещается двойным светом через узкие удлинённые окна. Фасады здания поделены широкими лопатками на три прясла. Завершают прясла значительные по размеру закомары, средние из которых имеют большой размер, чем боковые. Переход к барабанам глав создаёт второй ярус закомар. Сильно выделяется по сравнению с боковыми центральная глава, имеющая в основании четыре закомары. Динамичное нарастание масс к центру формирует пирамидальную композицию. Уже после освящения собора к нему пристроили западную паперть. Позднее - очевидно, между 1654-72 годами, когда в монастыре развернулось обширное строительство, - были сооружены северная и южная паперти.
Обращает на себя внимание окружённая с трёх сторон двухъярусная галерея-гульбище с необычными архивольтами и закомарами. На галерею выходят три перспективных портала с колонками и килевидным верхом. С севера она заканчивается обширной двухэтажной ризничной палаткой с входом из алтаря. Время её построения неизвестно, в монастырских записках значится, что она перестроена в 1759 году. К западному порталу ведёт большое крыльцо ХVII века с лестницей. В своей конструкции оно содержит толстые кувшинообразные столбы, поддерживающие двойные арки с висячей гирькой. Первоначальный шатровый верх крыльца в ХIХ столетии был заменён двускатной крышей. Коробовые своды собора поддерживают четыре массивных столпа. Внутри храма стены побелены (в древности, вероятно они были расписаны). Своды и стены верхнего храма были украшены живописью в 1859 году (утрачена), нижний этаж не был расписан из-за необходимости частых поновлений по причине сырости.
К началу ХХ века в верхнем этаже собора было три престола и ещё пять - в нижнем. Ранее в алтаре главного храма находились престолы Димитрия Прилуцкого, Иоанна Богослова и Преображения. В 1656 году престол Димитрия Прилуцкого был перенесён в нижний этаж собора, а его место в нижнем отделении алтаря занял престол Иоанна Богослова. Преображенский престол после пожара 1811 года был перенесён в южную паперть на место существовавшего там ранее престола во имя святых мучеников Платона и Романа. Кроме того, в нижнем храме почивали мощи прп. Димитрия и Игнатия (Ивана) Угличских, сосланных царём Иваном III на заточение в Вологду. Находятся они там и сейчас. А вот надгробие благоверного князя Димитрия, похороненного в ногах прп. Игнатия, было в 1641 году снято, поскольку находилось близко к алтарю и мешало установке нового иконостаса.
В 1811 году Спасский собор горел - как это часто бывает, от неосторожно позабытой "грошовой свечи". Тогда лишь чудом удалось спасти из огня икону прп. Димитрия Прилуцкого. Всё внутреннее убранство храма исчезло в огне, обгорели и некоторые главы. До начала Отечественной войны собор так и не успели отреставрировать, и сокровища ризниц московских монастырей и Троице-Сергиевой Лавры, привезённые в Вологду, хранились в обгоревшем храме.
В 1813-17 годах были предриняты работы по восстановлению интерьера и завершений собора. Именно тогда главы приобрели барочную форму (сегодня главам Спасского храма вновь придана первоначальная, шлемовидная, форма). В 1813-17 годах оштукатуривали и расписывали вновь стены ярославский изограф Иван Баранов с восемью товарищами. Был сделан карниз, настлан чугунный пол и устроен новый иконостас столярной и резной работы, а к нему написаны иконы. В 1836 году царские врата и иконостас были позолочены. В 1856 году стены и своды верхнего этажа были покрыты внутри масляной живописью. В 1896 году снова ремонтировались главы, кресты и кровля собора, во время этого ремонта на большой главе были вызолочены 62 звезды. В столь благолепном виде Спасскому храму довелось постоять недолго. Уже в 1918 году в Спасо-Прилуцком монастыре прошёл обыск.
В течение 1919-23 годов монастырское имущество постоянно изымалось "для помощи голодающим", а вскоре началось выселение монахов. Часть зданий заняли под свои нужды красноармейцы, но в Спасском соборе ещё некоторое время проходили богослужения. Летом 1924 года обитель была закрыта. Так, во Введенской церкви после разборки купола в 1927-28 годах был устроен киноклуб (здесь играли спектакли и показывали фильмы), буфет. Жилые и хозяйственные здания занимали дом инвалидов. Сам собор использовался тогда для различных хозяйственных нужд. В 1930-е годы в монастыре находилась пересыльная тюрьма для раскулаченных, которых перевозили в северные лагеря ГУЛАГа, в 1950-70-е годы территория бывшей обители была занята под военные склады. Лишь в 1975-79 годах центральная группа памятников с прилегающей территорией после реставрации, начатой в 1954 году, стали филиалом Вологодского государственного музея-заповедника. Благодаря научной реставрации, проводившейся в 1954-1975 гг., памятникам ХVI-ХVII вв. был возвращён предполагаемый исходный облик.
Реставрация Спасского собора в основном коснулась покрытия - по закомарам, а также формы глав. Главы кувшинообразной барочной формы на барабанах собора были заменены шлемовидными. Произведена реставрация папертей. В соборе укреплены фундаменты, местами переложена кирпичная кладка стен первого этажа. Работы эти проводились специалистами Вологодской специальной научно-реставрационной мастерской под руководством советского архитектора Глеба Павловича Белова.
Возвращение Спасо-Прилуцкого монастыря РПЦ началось в 1990 году. В этом году Церкви передали надвратную Вознесенскую церковь обители, в 1991 году при Спасо-Прилуцком монастыре была организована община. Наконец, в 1992 году весь монастырь вернули Церкви. Знаменательно, что второе рождение обители произошло в год, когда отмечалось 600-летие преставления преподобного Димитрия Прилуцкого. 13-14 августа 1992 года обитель посетил Святейший Патриарх Алексий II. Он совершил Божественную литургию в нижнем храме Спасского собора и возглавил крестный ход вокруг обители.
Из журнала "Православные монастыри. Путешествие по святым местам". Выпуск №11, 2009 г.