Никольская церковь находится в селе Прилуки, официально вошедшем в состав Вологды в 1991 году, в нескольких сотнях метров от Святых ворот Спасо-Прилуцкого монастыря. Она изначально строилась в качестве приходского храма двух богатых монастырских сел: Выпрягово (названо по имени одного из местных жителей – Исидора Выпряга) и Коровничье (названо по наличию монастырского коровьего двора). В конце XIX века (по другим данным в 1920-х годах) слившись, они образовали село Прилуки.
В XVI веке в Выпрягово (село располагалось с северной стороны монастыря) насчитывался 31 двор, его население составляли ремесленники, работающие на монастырь: кирпичники, плотники, кузнецы, иконники, часовники, оловяничники, сапожники, портные, квасовары. У села Выпрягово существовала переправа через реку Вологду – на большой дороге через Кирилловскую Слободу в Кириллов и Белозерск, Тотьму, Устюг и Архангельск. В Коровничье (село восточнее монастыря) находилась пристань и водяная мукомольная мельница. В селе жили монастырские каменщики и другие посадские люди. В XVI-XVII веках на берегу реки Вологды на территории нынешней церкви Николы на Валухе находился женский монастырь. После его упразднения бывший деревянный монастырский храм стал приходским. В начале XVIII века в селе Выпрягово взамен деревянной была построена теплая каменная церковь Николая Чудотворца, что на Валухе. С восточной стороны к ней примыкает высокая двухсветная холодная церковь, освященная в 1755 году. Двустолпный четверик завершен небольшим световым восьмериком, с запада пристроены обширная трапезная и высокая колокольня со шпилем. Колокольня, украшенная в несколько ярусов колоннами, наружными арками и нишами, построена в более позднее время взамен первоначальной шатровой.
В храме располагались два престола: Воскресения Христова и Иоанна Богослова. В трапезной находились приделы Николая Мирликийского и Успения Божией Матери. Интересно, что эта церковь, как и Софийский собор Вологды, ориентирована алтарем на северо-восток. Стены храма были украшены живописью, частично сохранившейся до наших дней. При церкви существовало обширное кладбище (захоронения продолжались на нем до конца ХХ века). Территория кладбища окружена забором с двумя сохранившимися воротами (Северными и Южными).
С XIX века церковь Николы на Валухе вместе с церковью Покрова Пресвятой Богородицы в деревне Слобода составляла Валуховско-Кирилловский приход Вологодского уезда.
Закрыта церковь в 1930-е годы. В советское время использовалась под склад. В 1990-х годах частным лицом была предпринята попытка проведения ремонта бывшего храма, которая так и не была реализована. В результате здание осталось без хозяина, лишилось многих архитектурных деталей, рухнула часть крыши трапезной. Состояние постройки неудовлетворительное.
Источник: Вологда: монастыри и храмы