В конце XVIII – начале XIX века в районе нынешней площади им. С. М. Кирова располагалось обширное болото, заросшее лесом. Еще в начале XIX века там водились дикие утки. В 1-й четверти XIX века началось осушение болота, и в 1838 году на образовавшейся пустоши на средства помещиков Алексея Константиновича Карпова, Натальи Александровны Тепляковой и некоторых саратовских граждан была выстроена каменная церковь в честь Вознесения Господня. Архитектором храма, предположительно, являлся К. Тон.
Вскоре к церкви был пристроен придел во имя святителя Митрофана Воронежского, отчего она впоследствии и получила в народе название Митрофановской. От названия храма близлежащая площадь и базар, находившийся на ней, получили название Митрофановских.
Несмотря на осушение, на весьма ровной местности в районе храма зачастую долго застаивались снеговые и дождевые воды, из-за чего на Митрофановской площади и соседних улицах весной и осенью в дождливое время пешеходное сообщение или вообще прекращалось, или же происходило с большими препятствиями. Сама местность в середине XIX века выглядела так: «От Митрофановского базара по Михайловской улице (ныне Вавилова) выстраивался "тележный ряд", здесь всегда торговали телегами, санями, пролетками, скотом, сеном и различной упряжью. В противоположной стороне торговали дровами, отчего и получила название маленькая улица, идущая от церкви и площади, — Дровяная (ныне Дзержинского). Со временем ее стали называть Грошовой, из-за продажи на ней мелких кустарных "грошовых" товаров». От «сенных» рядов вблизи храма происходит ее второе народное название — Вознесенско-Сенновская.
В 1864 году к церкви была пристроена каменная колокольня. Значительно позже, в 1910 году, в ограде церкви была построена часовня. На 1912 год в храме насчитывалось уже три престола: главный в честь Вознесения Господня, в приделах — во имя святителя Митрофана и во имя святителя Николая Чудотворца и преподобного Сергия Радонежского. В штате причта состояли три священника, диакон и три псаломщика. При церкви имелась двухклассная церковно-приходская школа.
К началу XX века Митрофановский рынок стал самым крупным в Саратове. Грязный и неухоженный рынок доставлял городским властям массу неприятностей, служа рассадником всевозможных инфекций. Да и сами ряды под открытым небом вовсе не украшали город. После долгих споров губернские власти решили придать торговому месту современный вид и построить здание рынка, которое бы отвечало требованиям того времени. Название родилось из главной отличительной черты новостройки — рынок был с крышей. Строительство его началось в 1914 году по проекту Василия Алексеевича Люкшина, и 27 ноября 1916 года Крытый рынок был открыт.
В годы гонений от советской власти храм и все строения, кроме одного, были разрушены. В 1937 году Митрофановская площадь была переименована в площадь имени Н. Г. Чернышевского, а в 1966 году — в площадь имени С. М. Кирова. До наших дней от церковных зданий сохранилось лишь одно строение — бывший причтовый дом, в котором до недавнего времени располагалась кафедра микробиологии, вирусологии и иммунологии Саратовского Государственного медицинского университета.
В ноябре 2005 года бывший причтовый дом был передан Саратовской епархии Русской Православной Церкви. 6 декабря, в день престольного праздника, первую Божественную литургию в возрождаемой Митрофановской церкви совершил настоятель, священник Геннадий Пастухов. Ему сослужил священник Сергий Кляев. За богослужением молилось около 20 человек, некоторые приобщились Святых Христовых Тайн. Престол во имя святителя Митрофана, епископа Воронежского освящен 6 декабря 2005 года иерейским чином.
В 2007 году в храме велись ремонтно-реставрационные работы: в большом приделе разобран потолок второго этажа, установлен временный иконостас, оборудовано место для клироса, в малом приделе разобрана кирпичная перегородка, сделан косметический ремонт. Были свареныи установлены на крышу: купол, крест, барабан. В 2008 году ремонтные работы были продолжены.
По материалам Информационно-аналитического портала Саратовской митрополии.
При подготовке материала были использованы: Справочная книга Саратовской епархии. Саратов, 1912. Стр. 12. В. Х. Валеев. Из истории саратовских церквей: Краткий иллюстр. справочник. Саратов: Приволжское кн. изд-во, 1990. Стр. 26 — 29. Н. Н. Семенов. Старый Саратов. Фотоальбом. Из частной коллекции. Стр. 31, 32.
