Во имя святого благоверного князя Александра Невского, домовая церковь, с 1880 по 1920 гг., при Исправительном арестантском отделении № 2, г. Томск, р-н подгородней Елани, ул. Еланская (ныне ул. Герцена), №3, время постройки - 1880 г., время освящения - 12 апреля 1880 г. Один престол, с 1880 г., материал постройки - камень (кирпич).
Архитектор - Бехтер А. П., первоначальный проект и постройка - Хабаров В. В., переработка проекта и постройки. Здание кирпичное, оштукатуренное и побеленное снаружи и внутри. Своебразная планировка храма - отстутствует апсида. Лаконичное декоративное оформление. Архитектурный стиль - русско-византийский.
Предназначалась для арестантов исправительного отделения, но церковь посещали и городские жители. Ранее при арестантском отделении существовал деревянный храм, построенный в 1857 г. Новая, каменная церковь была построена на средства купца М. Е. Шебалина.
Церковь была закрыта в 1920 г. Использовалась под различные нужды (в 1920-1925 гг. для Дома принудительных работ, томского губ. архивного бюро; 1929-1990-х гг. для типографии издательства "Красного знамени").
В 1993-2002 г.г. здание реконструировано под храм Томской Духовной семинарии.
Справочная книга по Томской епархии. Томск, 1914. С. 125. Безруких Олег, протоиерей. Храмы города Томска. Опыт церковного историка-ареологического исследования: дис. на соискание ученой степени кандидата богословия по кафедре церковной археологии Сергиев Посад. Троице-Сергиева Лавра. 2003. С. 121.