С 1671 по 1776 год церковь входила в состав Христорождественского женского монастыря. Каменное здание было построено в 1898 году в стиле "сибирское барокко". В 1920-м Никольскую церковь национализировали, по договору передали в пользование верующим, а в 1936 году закрыли. В начале 1950-х годов остатки стен и фундамента разрушенного храма использовались для постройки жилого дома по улице Крылова, 6а.
https://www.tomsk.kp.ru/best/tomsk/ischeznuvshie_hrami/
Храм Рождества Христова
В 1766 году на месте обветшавшего храма упраздненного Рождественского девичьего монастыря была заложена деревянная двухпрестольная церковь, которая в 1769 году по благословению епископа Тобольского Варлаама была освящена игуменом Нафанаилом: главный престол - в честь Рождества Христова, придельный - во имя святителя Николая Чудотворца. В 1792 году эта церковь была заменена новой каменной с каменной колокольней. В 1806 году по благословению архиепископа Тобольского Антония придел с северной стороны был освящен во имя святителя Николая Чудотворца игуменом Палладием. В 1836 году к храму пристроен третий придел. В 1856 году иждивением Томского первой гильдии купца Гавриила Игнатьевича Елисеева была выстроена новая каменная церковь. Однако она скоро перестала вмещать всех прихожан.
Никольский храм
Рождественский храм был разобран, а вместо него в 1898 году воздвигнут каменный трехпрестольный храм. Главный престол его был освящен 8 июня 1900 года во имя святителя Николая Чудотворца епископом Томским Макарием (Невским), придельные - во имя мученика Евграфа и Пророчицы Анны. 80000 рублей израсходовали на строительство братья купцы Евграф и Всеволод Королёвы, доброхотные подаяния составили 30000 рублей. Храм и колокольня были покрыты железом, увенчивались семью главами и позолоченными на средства прихожан ажурными крестами. Внутренние стены храма были оштукатурены, стенная роспись сделана на средства прихожанина Ивана Ивановича Логунова, пожертвовавшего 7000 рублей. Храм освещался электрическим светом.
Прихожане храма были знамениты своей активной благотворительной деятельностью. При церкви работала богадельня, где находили приют старцы от 15 до 20 человек, а также дневной приют "Ясли" для детей бедных рабочих (до 1000 душ). Заведения содержались на средства приходского попечительства, действовавшего с 1891 года. 30 декабря 1901 года при храме было учреждено Общество трезвости.
Церковно-приходская женская школа, открытая 5 ноября 1891 года, помещалась в отдельном здании, в ней обучалось до 140 девочек. Имелась церковная библиотека.
Причт состоял из двух священников, диакона и двух псаломщиков. По ходатайству епархиального начальства в 1911 году были открыты вакансии третьего и священника и третьего псаломщика (без содержания).
В 1920 году Никольская церковь была национализирована и по договору передана в пользование верующим. С июня 1922 по 1930 год храм занимали обновленцы, с 1930 по 1932 год - православные верующие, с 1932 по 1936 год - григорианцы.
В 1936 году здание церкви приобретено мединститутом для разборки на кирпичи.
Из воспоминаний очевидцев: Мраморные плиты были накрепко прикручены к стенам железными болтами, взрывать жаль. Так вот на гусеничных тракторах въезжали в храм, вырывали и вывозили эти плиты вместе с иконами. А храм потом разбирали руками...
В начале 1950-х годов остатки стен и фундамента храма послужили для постройки жилого ("лигачевского") дома по улице Крылова, 6а.
https://drevo-info.ru/articles/13671976.html
