В 1776 г. Черниговский коллегиум реорганизован в Черниговскую духовную семинарию, при этом срок обучения сокращен до 6 лет (четыре общеобразовательных курса и два специальных богословских). Семинарий полностью переведен за реку Стрижень в бывшую усадьбу П. Полуботка. Там семинария размещалась в очень перестроенном доме гетмана, построенном в XVII в., и в нескольких корпусах, построенных в XVIII в. – первой половине XIX в. Два боковых двухэтажных дома, выстроенные ранее, имеют некоторые признаки стиля барокко – живописные ризалиты с восьмиугольными башнями; средний трехэтажный корпус построен в стиле классицизма.
В XVIII ст. на территории семинарии было две деревянные церкви: Вознесение Господня и Святой Варвары. В церкви Вознесения, построенной гораздо раньше, чем жил П. Полуботок, иконостас был выполнен по его заказу, ибо в нижней части метились изображения гербов гетмана Полуботка. Позже обе церкви были разобраны.
В 1805 г. при семинарии заложен каменный храм во имя черниговских мучеников Михаила и Феодора. Эта семинарская каменная церковь сохранилась до настоящего времени, но она несколько раз в течение XIX ст. перестраивалось.
В Черниговской семинарии учащиеся получали общее образование достаточно высокого уровня, многие из них по окончании поступали в высшие учебные заведения - университеты и институты, выдерживая вступительные экзамены. Некоторые из них оставили заметный след в истории Украины и в ее культуре, среди них есть несколько очень известных фамилий: М.И. Кибальчич, М.И. Подвойский, В.М. Элланский (Голубой), Г.Г. Веревка, П.Г. Тычина.
На территории бывшей усадьбы Павла Полуботка в Черниговской семинарии, почти на берегу Стрижня в 1805 г. была заложена церковь во имя черниговских мучеников Михаила и Феодора, что в течение XIX в. дважды перестраивалась. Первоначально эта церковь была построена в стиле классицизма с некоторыми элементами барокко – спаренными плоскими полуколоннами с капителями на фасадах. Композиционное решение стен напоминает Петропавловскую церковь Елецкого монастыря: такие же двухъярусные окна – нижние полуциркульные, а верхние круглые. План церкви вытянут по продольной оси: внутри большой квадратный объем, перекрытый арками, с запада к нему пристроен притвор с тамбуром, с востока – алтарь с прямоугольной абсидой.
Во второй половине XIX ст. во время реконструкции церкви был придан псевдовизантийский внешний вид: возведена большая баня на барабане с оконными проемами, опирающаяся на металлоконструкции, устроенные между арками. Покрытие боковых частей церкви сделано декоративным по цилиндрическим закомарам.
Церковь сейчас реставрируется. Она окрашена в желтый с белым цветом; в большом зале установлен иконостас, взятый из другой разрушенной церкви.
Вироцкий В.Д. «Храмы Чернигова». – М.: «Техника», 1998 г., перевод с украинского.
