В 1192 г. игуменом Мартирием была построена церковь одноэтажная, деревянная, которая вскоре сгорела… В 1196 г., будучи в сане архиепископа, Мартирий соорудил вместо сгоревшей деревянной церкви однопрестольную каменную, во имя также Преображения Господня. Эта церковь начата постройкою 21 мая и окончена 31 июля.
По истечении более 200 лет и после разорительных литовских набегов, каменная церковь пришла в совершенную ветхость, поэтому Евфимий, архиепископ Новгородский, при вспомогательном содействии старорусских и новгородских граждан выстроил вновь в 1442 г. каменную же церковь, хотя на старом основании, но гораздо выше прежде бывшей, украсил оную иконописью.
По прошествии двух столетий церковь в 1628 г., при царе Михаиле Федоровиче, старанием и усердием игумена Иосифа окончательно возобновлена с устройством в нижнем этаже монастырских келий, а вместо бывшей деревянной паперти построена каменная.
Сей храм, без вновь пристроенной с запада паперти, представляется квадратным, кроме восточной стороны, которая выдается тремя полукружиями для алтарного помещения. В каждом из полукружий по два окна, одно над другим; в верхнем этаже полукруглые, а в нижнем – квадратные. Стены храма складены от основания до нижних окон верхнего этажа из дикого камня, перемешенного с кирпичом, а выше окон из одного кирпича, с постепенною убавкою толщины стен до самой кровли.
В южной стене имеется 6 неправильной формы окон, с железными решетками, возвышающихся пропорционально одно над другим, по два в ряд, а 7-е – в диаконике. Между окнами и на углах четыре пилястры, над коими возвышаются три стрельчатые впадины, коими обведен храм со всех четырех сторон. В этих впадинах, вероятно, некогда была живопись. Под ними во всю длину южной стены до среднего алтарного полукружия и от оного по северной стене имеются три окна неправильной формы в верхнем этаже и одно в нижнем.
Квадратный вид этого храма теряется в пристройке с западной стороны каменной двухэтажной паперти, которая устроена в 1806 г. старанием архимандрита Моисея для удобовместимости храма. Вход в нижний и верхний этажи Преображенского храма был изнутри паперти и существовал до 1835 г. В этом году архимандрит Антоний, желая еще более распространить вместительность в церквах как в нижней, так и верхней, уничтожив сей внутренний вход, вместо сего пристроил к паперти двухэтажное, о двух арках каменное крыльцо с площадкою, ведущею в церковь Преображения Господня. С западной стороны над входом в нижний этаж крыльцо это получает свет через три полукруглых пролета, забранных перилами и досками. В западной стене паперти, устроенной в 1806 г., по ту и другую стороны имеются два окна, в верхнем этаже большие, полукруглые, а в нижнем меньшего размера, квадратные.
Глава на Преображенском храме одна. Она была деревянная, чешуйчатая, утвержденная на круглой каменной шее, выдавшейся сверх кровли более сажени, с узкими, небольшими с четырех сторон окнами, а в 1786 г. обита английскою полированною жестью; яблоко и утвержденный на нем железный крест вызолочены червонным золотом. Кровля во всем храме также была деревянная до 1816 г., а в этом году весь храм покрыт листом железом и окрашен медянкою, но на притворе крыша деревянная, выкрашенная под один колер с железною. Вышина храма от земли до карнизов 5 саж., а с карнизами, главою и крестом 12 саж., длина его с алтарем 10 саж. 1 арш. 9 верш., ширина 5 саж. 1 арш. и 8 верш.
Внутренность Преображенского храма от пристройки новейшего времени отделяется капитальною стеною с тремя арками. Далее к иконостасу поддерживают своды храма и купол два квадратных столба. На западной стене, над арками устроены были архимандритом Иннокентием в 1798 г. хоры для клиросного пения во время храмового праздника и других торжественных дней при многолюдном стечении богомольцев, а в 1837 г. за ветхостью хоры были снесены. Между арками западной стены помещается рака с частицами св. мощей разных угодников Божиих, перенесенных в сей монастырь из новгородского Софийского собора в 1805 г.
Иконостас в храме древнего устройства, столярной работы, о пяти ярусах, с резьбою, местами позолоченною. Царские двери сквозной резьбы, позолоченные. Когда и кем иконостас сей устроен – из монастырских дел не видно, но только известно, что в 1837 г. возобновлен архимандритом Антонием. Высота иконостаса 7 саж. 2 арш. и 1 верш., ширина 5 саж. Алтарь полукруглый, разделяется на три части капитальными стенами с арками.
Стены храма в 1199 и 1442 гг. были расписаны живописью, о возобновлении коей нет никаких следов в монастырском архиве, но в 1801 г., указом новгородской духовной консистории, разрешено архимандриту Иннокентию расписать стены греческим письмом, а не живописью. В 1837 г. архимандрит Антоний, возобновляя иконостас, вновь произвел стенное писание, которое ныне большей частью обветшало.
В нижнем этаже храма до 1763 г. был подвал для складки различных монастырских припасов, а потом на основании контракта, заключенного в этом году со статским советником Титовым, исправляющим должность вице-губернатора, хранилось в подвале казенное вино, с платою в месяц по 1 руб. ассигн., за каждое из четырех помещений. Таковая складка вина продолжалась до 1799 г.
Через 4 года подвал в 1803 г. превращен усердием архимандрита Иннокентия в церковь во имя преп. Варлаама Хутынского и Нила Столобенского, освященную по благословению преосвящ. Михаила, епископа Старорусского, в 1803 г. 30 июня. В 1808 г., по указу новгородской консистории в церкви произведены следующие исправления: стены оштукатурены и обиты на 2 арш. от пола досками, пол каменный вновь перемощен и приведен в уровень против нынешнего крыльца, устроенного архимандритом Антонием в 1835 г. Престол утвержден на плиту, и с благословения преосв. Антония сия церковь освящена во имя Казанской Божией Матери. В 1837 г. церковь опять исправлена усердием подполковника Шахардина, в 1855 г. окончательно возобновлена и освящена 15 июля преос. Иннокентием. Внутренность церкви имеет форму арки, опирающейся на четыре толстых столба. На южной стороне видны надписи, вырезанные на медных досках: «Лейб-гвардии кирасирского Ее Императорского Величества полка корнет Федор Толстой, погребен в 1817 году» и «Инженер-механик 7 класса Гавриил Шахардин, погребен в 1837 году».
К северо-западному углу Преображенского храма примыкает колокольня. Она построена после шведского разорения, около 1630 г., в три яруса, из коих нижний имеет фигуру квадратную, внутри со сводом. В этом ярусе первоначально был подвал для складки разных монастырских вещей; в 1763-96 гг. здесь хранилось казенное вино на тех же условиях, как и под Преображенским храмом. Ныне этот подвал обращен в часовню во имя Всемилостивого Спаса, в которую проходит свет сквозь стеклянную дверь с западной стороны.
Второй и третий ярусы представляют вид восьмигранника, из коих в первом помещается монастырская ризница; вход в оную из паперти Преображенского храма. Во втором ярусе до 1818 г. помещались колокола в 7-ми полукруглых пролетах с перилами, кроме северного, фальшивого. Пониже этих пролетов всю колокольню опоясывает карниз со впадинами. В 1787 г. глава этой колокольни, вместо дерева, покрыта английскою полированною жестью. В этом же ярусе помещались и боевые часы, которые при постройке четвертого яруса в 1818 г., за ветхостью и неисправным ходом, уничтожены.
В том же 1818 г., старанием архимандрита Дионисия, надстроен четвертый ярус вышиною 4 саж., круглый, уже не восьмигранный, с семью пролетами и карнизами. В этом ярусе висят ныне на деревянных брусьях средней величины и зазвонные колокола, а по середине большой праздничный, на коем вверху надпись: «Лета 7200 (1692) года вылит сей колокол, при державе великих государей благоверных царей и великих князей Иоанна Алексеевича и Петра Алексеевича… Февраля во 2-й день дал сей колокол вкладом в монастырь Всемилостивого Спаса, что в Старой Руссе, крестного монастыря архимандрит Иосиф, да келейный его старец Макарей, по своей души и по своих родителях в вечный поминок, весом 120 пуд. 8 ф. Лил сей колокол мастер Моторин». Кроме большого, еще висят 7 колоколов: 1 полиелейный, около 50 пуд., с надписью внизу: «Лил сей колокол мастер Михаила Мотора»; второй вседневный, на нем написано: «1780 года ноября 22 дня, сей колокол города Старой Русы… тщанием священника Иоанна, подаянием мирских людей. Весу 15 пуд 16 фунт.». 5 колоколов зазвонных; из них на двух надписи не имеется, а на третьем надпись: «Сей колокол города Старые Русы… весу 4 пуд. 4 фунт. 1778 г.». На четвертом вверху надпись: «Лета 7109 (1601) г. марта слит был сей колокол при благородном царе великом князе Борисе Феодоровиче всея Руси. В Старую Русу к Богоявлению Господа Бога и Спасителя нашего Иисуса Христа на остров…»; на пятом надпись: « Лета 1830-го вес 6 пуд. 18 фунт.».
При сей церкви с восточной стороны между церквами Преображенскою и Христорождественскою находится каменная двухэтажная пристройка. В связи с этою пристройкою, к северу, находится храм Рождества Христова.
Миролюбов Н. К. (Макарий) «Церковно-историческое описание города Старой Русы, содержащее в себе сведения о старорусских церквах, Спасском монастыре и духовном училище». - Типография Э. Классона, 1866 г.