Первой каменной постройкой Донской обители стал храм в честь иконы Богородицы, именуемой "Донская". Собор был заложен в 1591 году на том самом месте, где стояла походная церковь русского войска, освящённая в честь преподобного Сергия Радонежского. Есть все основания полагать, что заказчиком строительства и внутреннего убранства был Борис Годунов. Окончание строительства храма относится к 1593 году. Царь Фёдор Иоаннович повелел украсить храм "разными лепотами", но по воспоминанием современников, убранство его не отличалось особым роскошеством. Образа были довольно скромные, вся утварь, как пишет Иван Забелин, "не заключала в себе особенного богатства".
Первоначально Малый собор Донской обители имел квадратный в плане объём, который переходил в "горку кокошников" и венчался шлемовидной главой. Малый собор интересен, в частности, тем, что это один из первых храмов с крещатым сводом. Внутреннее пространство храма не имеет опорных столбов, что не было традиционно для монастырских храмов конца ХVI века, которые большей частью были ориентированы на архитектуру Успенского собора Московского Кремля. Изобретение такой конструкции сводов позволило отказаться от столпов и тем самым увеличить "полезную площадь" храма.
В новоотстроенном соборе были выполнены фресковые росписи и установлен тябловый иконостас, которые до наших дней не сохранились. На правой стороне местного ряда иконостаса был установлен список с чудотворного образа Донской Богородицы из Благовещенского собора Московского Кремля. В 1673 году к основному объёму храма была пристроена, традиционная для храмовой архитектуры того времени, трапезная часть. В 1677-1678 годах возводятся приделы, увенчанные луковичными главами: южный в честь прп. Сергия Радонежского и северный в честь вмч. Фёдора Стратилата. Завершилось формирование ансамбля храма возведением в 1679 году шатровой колокольни. В этоже время был надстроен центральный барабан, установкой луковичной главы.
Во время разорения французами в 1812 году было утрачено богатое убранство древних иконостасов Малого собора. Вскоре после освобождения Москвы от неприятеля в храме, как и во всём монастыре, начались восстановительные работы. В 90-х годах ХIХ столетия в соборе были проведены очередные реставрационные работы. Вновь открыты ряды кокошников на основном объёме четверика. Последний раз до Октябрьской революции, внутреннее убранство храма и роспись поновлялись к коронации императора Николая II в 1896 году.
Стоит упомянуть и тот факт, что в Малом соборе с 1949-1963 годы служил протоиерей Николай Голубцов, священник, известный всей православной Москве как составитель службы с акафистом Донской иконе Божией Матери. "Это был действительно "пастырь добрый", - писал о нём С. И. Фудель, - отдавший всего себя заботе о своих многочисленных церковных детях. Их было множество со всех концов Москвы... А он был со всеми ровен, со всеми тих, каждого принимал так, как будто он только и ждал этого прихода, чтобы отдать ему со всею щедростью свое драгоценное время и все душевные силы".
Внутренняя площадь собора в 1930-х годах использовалась в качестве общежития для строителей метрополитена. В 1948 году Малый собор был возвращён Московской Патриархии в качестве приписного к храму Ризоположения на Донской улице, великое освящение храма совершил Святейший Патриарх Московский Алексей I (Симанский). По благословению Святейшего Патриарха Алексия I в северной части трапезной была установлена мироваренная печь, святое Миро в которой готовилось для всего Патриархата вплоть до 2014 года.
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по святым местам". Выпуск №140, 2015 г.