Богоявленская церковь была построена в 1781 г. по ходатайству жителей Свистушенской слободы на высоком берегу при впадении р. Жабни в Волгу. Бывшие прихожане Христорождественской церкви, свистушенские жители направили преосвященному Арсению, епископу Тверскому и Кашинскому, прошение "со изъяснением, что означенная церковь состоит при Колязине монастыре, а они просители жительствуют на другой стороне реки Волги, чрез которую за разлитием как в осенние так и вешние времена воды к тому ж и за случающимися бурями происходит им во всяких приключающихся до оной церкви необходимых требах великая остановка; и так по долгу христианскому положили они обещание построить в той их Свистушенской слободе в назначенном по плану сорок третьем квартале каменную церковь во имя Богоявления Господня с приделом святого пророка Илии..." Епископ обратился с доношением в Святейший Синод и 18 июля 1779 г. по Указу Ее Императорского Величества разрешение на строительство церкви было получено.
В приходе новой церкви состояло тогда 80 крестьянских дворов. Позднее в церкви устроили третий придел, посвященный Усекновению главы святого Иоанна Предтечи. Наибольшим почитанием пользовался придел святого пророка Илии так, что и вся церковь обыкновенно называлась Ильинской. К концу XIX в. церковь украсилась новым четырёхъярусным иконостасом замечательной работы. Церковная звонница состояла из шести колоколов, главный из которых весом 152 пуда отлит в 1843 г. в Ярославле на заводе купца 1-й гильдии Порфирия Оловянишникова мастером Семеном Горошковым.
К 1915 г. Богоявленская церковь обслуживала, кроме 3-й части самого Калязина, ещё шесть окрестных деревень и число её прихожан достигало 1650 человек. К церкви были приписаны одно городское и одно земское училища.
По материалам сайта города Калязина и издания: Кубарев А.Г. "Калязинские храмы (Краткий исторический очерк)". - Москва. 2007.
Церковь Богоявления расположена на небольшой площади в северо-восточной, самой высокой части города (бывшей Свистушинской слободе), на правом берегу Волги. Церковь построена на средства прихожан в 1777-1789 г.г.; в 1781 г. был освящен придел Ильи пророка, в 1789 - главный престол. Четырехъярусная отдельно стоящая колокольня сооружена в 1791 г. В 1-й пол. 19 в. был устроен второй придел - Усекновения главы Иоанна Предтечи. В 1865 г. по проекту местного учителя рисования Носова вокруг прямоугольного церковного участка была возведена каменная Богоявления Господня церковь, ограда со Святыми воротами (не сохр.), поставленными по оси колокольни. Трехчастные арочные ворота с пилонами, украшенными колоннами, завершались пятью главками. В северное прясло ограды был включен одноэтажный дом причта (не сохр.), построенный, вероятно, в 1-й пол. 19 в. Из метрики 1887 г. известно, что церковь к тому времени еще не была расписана; главный иконостас, поставленный в 1877 г., был деревянным четырехъярусным; в трапезной находились два одинаковых иконостаса - одноярусные, окрашенные в зеленый цвет. В нижнем ярусе колокольни располагались ризница и архив.
В 1897-1898 г.г. на средства церковного старосты Ивана Алексеевича Коровкина и купца Дмитрия Ивановича Охлобыстина по проекту и под наблюдением епархиального архитектора В.И. Назарина первоначальные своды, два крестообразных в сечении столба и западную стену трапезной разобрали и сложили четыре новых столба, новые своды, а с запада сделали пристройку, объединившую трапезную с колокольней. При этом было заложено по одному окну на южном и северном фасадах трапезной. Вероятно, тогда же было выполнено существующее декоративное убранство фасадов храма и колокольни. Новые иконостасы для трапезной были заказаны резчику и позолотчику Калязинскому купцу М.В. Шишкину. В конце 19 - начале 20 в. церковь была расписана.
С 1937 г. в здании церкви располагается Калязинский краеведческий музей. В советское время были заложены северный и южный входы, а также центральный и южный проемы, связывающие храм и апсиду. Четверик разделен деревянным перекрытием на два этажа. В 1967-1969 г.г. проводились ремонтно-реставрационные работы по проекту архит. В.П. Беркута (трест «Мособлстройреставрация»). В ходе работ церковь внутри и снаружи заново оштукатурена и побелена, отремонтирована кровля, стены внутри покрашены масляной краской, отреставрированы сохранившиеся фрагменты настенной живописи, сделан новый дощатый пол. Стены храма сложены из кирпича и оштукатурены, цоколь - белокаменный.
Ценный памятник культовой архитектуры конца 18 в., сохранивший объемную композицию, характерную для своего времени, и обладающий эклектичным наружным декором, возможно, отчасти повторяющим формы первоначального убранства. Расположенная на возвышенном месте, церковь является одним из главных вертикальных акцентов в панораме города.
Белюстин, Добровольский, Крылов, "Улицы Калязина"; ГАТО. Ф. 160. On 1. Д. 7523. Л. 16, 18, 18 об.; Д. 16280. Л. 17; Д. 16302. Л. 28; Д. 16305. Л. 20; Оп. 8. Д. 40; Д. 71. Л. 3 об.; Ф. 466. On. 1. Д. 3143, 82724; ИИМК РАН. Рукописный архив. Ф. Р-III, № 6421; По материалам издания: "Свод памятников архитектуры и монументального искусства России", Государственный институт искусствознания Министерства культуры РФ. - М. : Наука, 1997; "Свод памятников истории и культуры России", Тверская область: Ч. 4. (отв. ред. Г.К. Смирнов). - М. : Academia, 2015.