Каторжная тюрьма № 1 была учреждена в Тобольске в 1876 году вместо существовавшего ранее каторжного отделения. При ней была устроена часовня. 19 августа 1890 года было освящено место для престола домового храма, 30 декабря того же года был освящен сам храм епископом Иустином (Полянским). Храм был устроен на частные пожертвования.
Известные настоятели: Иоанн Пономарев (упом. 1883 - 1888), Петр Фаворский (17 июня 1888 - упом. 1903).
Приписной к этой церкви была ц. св. Александра Невского при каторжной тюрьме, построенная в 1855 г. и имевшая деревянную колокольню (не путать с ц. св. Александра Невского при исправительном арестантском отделении, которая находилась непосредственно внутри отделения и была построена в 1826 г.).
Тюрьма вместе с церковью была упразднена в сентябре 1919 года.