Каменная Богоявленская церковь была построена в 1691 г. Храм имел три престола: на первом этаже - Богоявления Господня, на втором – Владимирской иконы Божьей Матери, в приделе – великомученицы Варвары. Время основания первой деревянной Богоявленской церкви точно определить не возможно. Однако в 1624 г. храм уже существовал. Можно предположить, что первые тоболяки, переселившиеся из крепости под гору заложили его двадцатых годах XVII в. В Дозорной книге под 1624 г сказано: «под горою за речкою Курдюмкою промеж заливов на мысу церковь во имя Богоявления Господня да придел Прокопия Устюжского чудотворца. А в церкви деисус в тябле (в одном из рядов иконостаса), а в нем 7 икон на прозелени, в 1 ¼ аршин икона. Двери царские с столицы и с сенью на прозелени. Икона местная Богоявления Господня, венец на ней басмянной серебряной позолочен. Икона местная Прокопей Праведной, на иконе в облаце Спас, венец у Спаса серебряной золочен басмянной. У Прокопья такой же венец. Евангелие напрестольное письменное в пол, десть оболчено выбойкой русскою, распятие и евангелисты медные. Крест воздвизальный деревянной. Сосуды служебные оловянные, покровцы – атлас-черчат, кадило медное ветхо. Риза и стихарь холщовые, оплеченье – выбойка бухарская, пояс нитяной. Книг: минея месячная месяц Сентябрь – печатная в полдесть, апостол печатной в дест, триодь постная да триодь цветная в десть; псалтирь письменная в полдесть, минея месячная письменная в четверть. Служебник печатный в полдесть, часовник печатный в четверть, ветх. В церкви перед деисусом паникадило медное не велико о 4-х шандалах; у церкви два колокола не велики. У церкви же келья, а в ней живет черной поп Ефимей…» Первыми строителями храма были выходца из Великого Устюга, потому как придел был освящен во имя Прокопия Устюжского чудотворца.
В 1646 г. был устроен престол в честь Владимирской иконы Божьей Матери. Первый храм сгорел в 1662 г., о чем летописец Иван Черепанов писал следующее: «В Тобольске случился пожар под горою, в котором погорела Богоявленская церковь, торговые ряды и базарный мост через реку Курдюмку». Скоро был построен новый деревянный храм, с наименованием Богоявленского с престолом иконы Владимирской Божьей Матери. Черепанов, повествуя о приносе в Тобольск чудотворной иконы Абалакской Божьей Матери, по просьбе воеводы, князя Ивана Борисовича Репнина, во время болезни его сына Аникиты, писал: «23-го июня 1672 г. в воскресенье – вышли из города за Воскресенские ворота митрополит Корнилий с освященным собором и со кресты и князь Иван Борисович со всем домом и все множество народа в сретенье (на встречу). Итак благолепно до церкви Богоявления Господня, яже под горой, в той бо день праздновали сретенье иконы Владимирския Богородицы и ту совершиша литургию и оттуда паки в собор принесли».
Новый храм существовал до 1680 г., затем погиб в пожаре. Был восстановлен и просуществовал шесть лет. Пожар 26 апреля 1686 г. уничтожил церковь вместе с колокольней. Мысль об устройстве каменного храма возникла еще в 1685 г., когда прихожане Богоявленской церкви подали владыке прощение следующего содержания: «Великому Господину Преосвященному Павлу, митрополиту Тобольскому и всея Сибири. Бью челом Богоявленской церкви прихожана: Петрушка Толбузин, Федька Шульгин, Ивашко Полозов, Харитонко Песнишев, Васька Едровский, Андрюшка Неелов, конные казаки Ивашко и Потапко Нисаиловы, Андрюшка Мельков, пятидесятники Володька и Степка Саранчины, Федько Немков, Андрюка Иконников, Оброска Некрасов, Герасимко Некрасов, Федька Гладков, посадские люди Васька Путинцев, Ивашко Пестряков, Тимошка Прянишников, Левка Герасимов, Мишка да Ванька Путины, и все Богоявленские прихожане… Государь благослови строити каменную церковь Богоявления Господня или Богородицы Владимирския…» 20 июля 1685 г. митрополит повелел вместо деревянной возвести каменную Богоявленскую церковь. 20 июля 1691 г. новая церковь была освящена. Сам митрополит Павел на освящении присутствовать не мог по причине болезненного состояния – «месяца июня 23 дня 1691 г. в 9 часу дня волей и судьбами Всемогущего Бога в Тобольске Преосвященный Павел митрополит заскорбел скоропостижной болезней и в то злое время и час отнялся у него язык и правая рука и память стала как у младенца…» Вновь построенный храм сильно пострадал в пожаре 6 июня 1701 г. Огонь не разрушил стен, но уничтожил все древние иконы и многое из церковной утвари.
В 1744 г. у церкви был устроен верхний этаж с престолом во имя Владимирской Божьей Матери. В Большом пожаре 1788 г. сгорели деревянные перекрытия колокольни и верх церкви, однако все церковное имущество было спасено и 4 декабря того же года престолы была освящены заново. В 1788 г. епископ Варлаам пожертвовал в церковь золотую панагию с частицами мощей Св. Варвары. В 1930 г. церковь была закрыта. В 1949 г. разрушена до основания.
http://www.tobolsk-eparhia.ru/newslist.php?new_my_id=123