Богоявленская церковь построена на территории бывшего Нежинского замка (отсюда - "Замковая" церковь). Вначале - здание прямоугольного плана. В 1826 г. пристроен купол, с Запада - колокольня, а возле боковых входов колонные портики. Купол и портики не сохранились, колокольня восстанавливается. В советские времена церковь находилась на территории рынка и использовалась под складские помещения претерпев значительные перестройки - замурованы окна, сделаны перекрытия для 2-го этажа и в том обрубке сложно было угадать бывший храм. В начале 2000-х гг. здание было передано приходу УПЦ (МП) и с тех пор достаточно быстро восстанавливается. Внутренний интерьер восстановлен полностью (кроме росписей стен). Построены хоры, установлен резной иконостас (иконостасы нежинских мастеров-резчиков издавна славились и в последнее десятилетие это искусство возрождается с новой силой).