Главный монастырский храм Воздвижения Креста Господня был создан на базе бывшего римско-католического костёла, возведённого в 1731-1752 годах и освящёного в 1758 году епископом Луцким Эразмом Волловичем. В 1875 году костёл был закрыт, а его настоятель Леон Пшесмицкий вывезен в город Луков. 18 февраля 1875 года по Указу Имератора Александра II, после того как произошло воссоединение униатов Холмской Руси, леснянский костёл, вместе с находившимся в нём чудотворным образом Богоматери, стал собственностью Православной Церкви. Чтимая Леснинская икона Божией Матери, обретённая 14 сентября 1683 года, первоначально находившася в православной церкви в Буковцах, но в 1686 году была обманным путём отнята католиками.
В 1884 году монастырь и церковь перешли в собственность конгрегации русских женщин, которые в 1889 году передали Лесьну 1-классному Леснянскому женскому монастырю. Монастырь должен был стать центром православия и русификации южного Подлясья. Его главной задачей было выполнение определенной «миссии» среди униатов, проживающих в этих местах.
В июне 1879 года началась реконструкция церкви в византийском стиле. В 1879-1880 годах храм был капитально отремонтирован, на храме реконструирована крыша, сняты стропила, в результате чего она приобела полукруглый вид. Затем были добавлены пять луковичных глав, которые вместе с двумя башнями под номером семь символизировали семь священных таинств, а над куполами сияли золотые монограммы Императора Александра II.
Церковь стала православной 3/15 мая 1875 года, в храме был один главный алтарь с иконой Богородицы, многочисленные обетные приношения. В соборе от бывшего римско-католического костела сохранились шесть боковых алтарей с изображениями святых. Первое православное богослужение состоялось 9 апреля 1879 года, после устройства иконостаса. После визита комиссии по церковному убранству храм был введен в эксплуатацию 6 августа 1880 года. В сакральном здании была одна звонница, находившаяся в церковной башне. Отреставрированный храм (стоимость реконструкции составила около 50 000 рублей серебром) был торжественно освящён архиепископом Хелмским и Варшавским Леонтием (Лебединским) 31 мая 1881 года. В 1896 году храм снова отреставрировали, алтарная часть была значительно приподнята, что позволило, по старинной традиции, ходить вокруг алтаря на коленях, не заходя за иконостас. Перед священным зданием находилась деревянная палатка (слева от главного входа в храм), в которой монахини продавали паломникам изделия ручной работы: иконы, картины и книги на религиозную тематику.
Вокруг храма в течении нескольких лет возведены и обустроены 6 чуть меньших церквей.
Крестовоздвиженская церковь была возведен в статус собора в 1890-х годах. У него было три придела с алтарями:
а) Св. Сергия Радонежского создан в правом приделе собора. Освящен 15 сентября 1895 года епископом Гедеоном Покровским. Ликвидирован после эвакуации монастыря в Россию.
б) Свт. Леонтия Ростовского, освящённый 2/14 января 1896 года, расположенный на северной стороне собора, был обустроен в честь московского митрополита Леонтия, который, будучи архиепископом Хелмским и Варшавским, приложил усилия для создания женского монастыря в Лесьне.
в) Св. Афанасия Брестского, устроенный в 1894 году в левой части придела собора, он был отделён от главного храма железной бронзовой решеткой, которую изготовили ученики монастырской школы. В приделе хранились мощи православного святого Афанасия Брестского, убитого в 1648 году. Частица мощей была привезена из собора Брест-Литовска. Останки православного мученика были вывезены из Лесьны в Санкт-Петербург в августе 1915 года.
С началом Первой Мировой войны, в 1915 году большая часть сестёр и дети приюта были эвакуированы в Серафимо-Понетаевский монастырь в Нижегородской губернии, а после Октябрьской революции продолжили свою жизнь в эмиграции, обосновавшись во Франции.
25 мая 1919 года здание костёла, монастырь, часть садовых и хозяйственных построек епархиальным указом были возвращены католикам-паулинам. Костёл был вновь освящён во имя Святых Петра и Павла.
В 1919-1924 годах монастырские постройки и теперь уже бывшая церковь были отремонтированы. В 1923-1925 годах были снесены луковичные главки церкви, а вся территория, принадлежащая монастырю, была приведена в порядок в связи с предстоящими торжествами по возвращению чудотворной иконы в костёл в Лесне и празднованием 200-летия годовщины присутствия там монахов-паулинов.
С 1937 года начался второй этап реконструкции костёла, когда он был расширен по проекту проф. Адольфа Шишко-Богуша, а южная башня увеличена в высоту. Эти работы были завершены в 1940 году.
В настоящее время – действующий римско-католический приход, включающий базилику Святых Петра и Павла (с 1984 года имеющую статус малой базилики) и монастырь отцов-паулинов. Главная святыня прихода - каменный барельеф Девы Марии с Младенцем, находящийся на главном алтаре, увенчанный папскими диадемами в 1963 году кардиналом Стефаном Вышинским.
Источник: Православныя русскiя обители, СПб, 1910, сс. 633-635; http://lesnapodlaska.eu/sanktuarium/historia-sanktuarium?page=1
