Первое на Дальнем Востоке среднее учебное заведение духовного образования открылось в Благовещенске в 1871 году. Будущие иереи и диаконы тогда ютились в ветхом деревянном доме, который постоянно требовал ремонта. Собственное здание для семинарии возвели и освятили в 1885 году. Семинария готовила дьяконов, священников и учителей для церковно приходских школ, которых в городе было 7. Это было первое трёхэтажное здание в Благовещенске. В 1891 году духовную семинарию посетил наследник престола цесаревич Николай Александрович Романов. Первым ректором был архимандрит Иаков, который за 7 лет превратил обычное училище в учебное заведение очень высокого уровня.
Семинария содержалась за счет средств Синода, а также пожертвований благотворителей. Ими были: забайкальский купец М.Д. Бутин, благовещенец В.А. Левашев и другие. Купец 1 гильдии Н.П. Булыгин учредил ежегодную стипендию в сумме 1200 рублей на содержание одного "беднейшего и способнейшего православного мальчика без различий по сословию" - по выбору и назначению городской Думы.
В здании Духовной семинарии размещалась церковь во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Купол церкви и крест были как раз над центральным входом в здание. Ее устроили на пожертвование известной благотворительницы из Иркутска, купеческой вдовы Александры Портновой. Вклад ее был немаленьким – 5 тысяч рублей. Главной святыней семинарского храма была икона святителя Иннокентия Иркутского. Этот образ неизвестный мастер написал на доске, взятой с престола Иркутского кафедрального собора - именно на этом престоле святой чудотворец когда-то совершал Божественную литургию.
Здание семинарии было удобным местом для обстрела прилегающей территории во время революционных действий в Благовещенске. Вот что писал репрессированный священник Евгений Зернов, ныне канонизированый в лике святых: "В первые дни "гамовского мятежа" были отменены занятия в семинарии т.к. на улицах было очень опасно из-за открытых вооруженных столкновений. В 7 часов утра 27 февраля здание было обстреляно красногвардейцами из ружей и пулеметов. Затем они ворвались внутрь, как объяснили "в поисках складов ружей и пулеметов" и заняли его, так как "семинария стоит на самом высоком месте в городе и занимает доминирующее положение над всеми окрестностями, являясь при этом очень редким в Благовещенске общирным каменным зданием, весьма удобным для всякой обороны".
В первые дни после разгрома семинарии здесь находился арестантский дом, а потом расположилась революционная армия "... около 600 солдат, 30-40 лошадей, 17 пулеметов, военный цейхгауз (кладовая для оружия или амуниции) и продовольственные запасы". Сюда же свозили реквизированное имущество со всего города. Находившиеся в здании красногвардейцы не жалели семинарского имущества и церкви: разбив ящик, похитили церковные деньги. Со стены один из солдат сорвал икону Господа Саваофа и разбил на мелкие части. Расхитили и разрушили мебель в классах, столовой". В августе здание заняли анархисты.
27 февраля 1918 года красногвардейцы обстреляли Благовещенскую духовную семинарию из пулеметов – на ее фасаде до сих пор можно увидеть следы пуль.
После установления советской власти, в 1920 году, Благовещенская духовная семинария, единственное среднее учебное заведение православной церкви на Дальнем Востоке, прекратила своё существование, в ней был открыт Амурский индустриальный техникум, в 1930-е годы - Автодорожный техникум, с 1950-х годов по настоящее время сначала БСХИ, нынче ДальГАУ.
http://blogs.amur.info/832/1064/; http://vsehradost.ru/history/Progulka-chetvertaya-Seminariya