Первые сведения о селе Деревянное восходят к XVII в. - в писцовой книге Заонежской половины Обонежской пятины за 1582-1583 гг. значится деревня Деревянное на Онего озере. По преданию, до этого на этом месте существовало поселение под названием Деревянской выставки, отделившейся от Шуйского погоста. Церковь в Деревянном освящена в 1683 г. во имя Святого Николая (до настоящего времени не сохранилась). Имелась приписная Покровская церковь в селе Ужесельга.
В XIX в. в деревне проживали крестьяне, в основном русские. Основным занятием было земледелие и отхожие промыслы в Санкт-Петербурге — главным образом, в Деревянном жили мастера по вставки стекол. Школа открыта с 1879 г. (до этого существовала церковно-приходская школа).
"... Въ 23,5 верстахъ от г. Петрозаводска, по Вытегорскому тракту, находится Деревянскiй приход, состоящiй из деревень: собственно погоста, Верховья, Уи, Ерошкиной сельги и Ужесельги; в недавнее время в состав этого прихода входила еще деревня Педасельга, ныне составляющая самостоятельный приход. Первыя сведения об этой местности встречаются в писцовой книге Обонежской пятины Заонежской половины, письма Андрея Васильевича Плещеева и подъячаго Семейки Кузьмина, 7091 года (1582-1583 г.). Из нея видно, что в Никольском погосте, на реке Шуе, состояли деревни на Деревянном, деревня Деревяное у Онега озера, деревня в Конце озера, деревня на Сидорове острову. Далее угодьями показываются речки: Деревянная, Нелякса (ныне Нелукса), Озерга (ныне Орзега)...
Мѣстное преданiе говоритъ, что первоначально поселились здѣсь два крестьянина: одинъ на мѣстѣ нынѣшняго погоста, а другой вверхъ по рѣкѣ, гдѣ деревня Верховье. Долго жили они, не зная другъ друга. Однажды низовой житель пришелъ на рѣку за водою и увидѣлъ плывшій по рѣкѣ свѣжiй вѣникъ, изъ чего заключилъ, что вверхъ по рѣкѣ есть житель и дѣйствительно нашелъ сосѣда." Около их образовалось затем население, которое носило название Деревянской выставки и входило в состав Шуйского погоста.
Первоначальная церковь Деревянскаго прихода св. Николая, освящена в царствование Iоанна и Петра Алексеевичей, при патриархе Iоакиме и при митрополите Корнилие Новгорода и ВеликихъЛук, 22 июля 1683 года. Церковь эта бревенчатая, пирамида тесовая, а глава или, как говорится, осмерик обшит железом. Церковь довольно вместительная. Иконостасъ в церкви довольно простой, но, судя по живописи, можно заключить, что он не весь писан для этой церкви, а перенесен из другой, ранее существовавшей, а вернее из бывшей здесь ранее часовни. На колокольне был колокол с надписью: „1726 года ноября въ 3-й день литъ колоколъ сей въ Шуйскiй погостъ, въ Деревянскую волость, въ церковь Николы Чудотворца; вѣсу 4 п. 35 ф.“. В одной ограде с Никольской церковью находилась каменная Сретенская церковь, освященная въ 1848 году.
К. П. Деревянное // Олонецкие губернские ведомости. 1883. № 63. http://elibrary.karelia.ru/book.shtml?id=8237