Это "первый дом" города Благовещенска.

1857-1859 годы - построена первопоселенцами города. Устроители - отец Александр Сизой и генерал-губернатор Н.Н. Муравьёв. Храм-часовню построили из брёвен мертвокладной, сплавленных на две версты ниже бывшего поста, солдаты линейного батальона и на следующий день она была освящена во имя Святителя Николая, Мирликийского Чудотворца. Согласно амурских экклезионимов часовня получила название «Свято-Никольская церковь». Но в первые годы церковь официально именовалась как «Походная Николаевская церковь Якутской епархии» или «Якутская походная Николаевская церковь». В 1858 году к Свято-Никольской часовне была сделана пристройка, а в 1859 — достроена колокольня.

1860, 5 июня - освящена святителем Иннокентием /Вениаминовым/. 

1930 год, февраль - закрыта по решению органов власти. Храм, без купола и колокольни, которая была снесена ещё в 1920-е годы, сохранился до 1980 года. В 1980-м историческое здание снесли как ветхое и не подлежащее ремонту, хотя оно являлось памятником архитектуры. В советское время здание использовалось для различных учреждений. 

1980 год, декабрь - "первый дом" снесён. 2007-2009 год - восстановлена общественной организацией "Возвращение" на пожертвования.

2010 год, 10 января - церковь освящена святителем Гавриилом /Стеблюченко/.