Крепостная церковь была приписана к градскому Благовещенскому собору. Что она была приписная, это видно из той же описи. Пред отделом богослужебных книг сказано: «книг церковных на две церкви », – а тогда в Шлиссельбурге только и было две церкви – Благовещенская и Иоанно-Предтеченская. При том указы и разные начальственные распоряжения посылались тогда только для Благовещенской церкви, причт которой служил и в церкви Иоанна Предтечи.
В 1727 году Благовещенский собор был перенесен из города или из крепости на посад и стал церковью приходскою; а церковь Иоанна Предтечи заменила церковь Благовещенскую, то есть стала городскою, или, точнее, крепостною (что Благовещенский собор был в крепости, это доказывается тем, что в указе от 7-го октября 1728 г. о перенесении Благовещенской церкви из собора на посад замечено, что в новоустроенную церковь определен бывший «шлиссельбургской крепости священник Василий Андреев», а он в других указах назван священником «Благовещенского собора»).
Затем церковные документы переносят нас прямо к 1757 году, когда в крепости был создан новый храм. В 1757 году из «канцелярии духовных дел» сообщено было шлиссельбургской комендантской канцелярии о необходимости сперва починить соборную церковь Рождества Иоанна Предтечи, а потом – построить и новую в то же имя. Комендатская канцелярия сделала об этом представление в канцелярию «строения домов и садов». Отсюда в 1758 г. «как для осмотру помянутой церкви ветхостей, так и для составления плана и сметы новой, имеющей строиться», прислан архитектурии помощник Густышев. Осмотрев церковь, Густышев составил план новой церкви, на что требовалось по его расчету 7 121 р. Он представил это в канцелярию строений и она определила: об осмотре Густышевым ветхой церкви донести в Сенат, причем и чертежи «на высокое рассмотрение» представить и требовать резолюции, не позволено ли будет ветхую церковь вновь построить и требуемую сумму отпустить (Донесение 27-го июня 1770 г., №226). Но на это из указа Сената не последовало. И только уже в 1764 году Сенат почему-то вздумал сделать в канцелярию строений запрос и получил от директора Ивана Ивановича Бецкого ответ, совершенно противоречащий прежнему образу действий канцелярии. «Строение в Шлиссельбургской крепости церкви Иоанна Предтечи до той канцелярии не следует», писал Бецкий, «по резону, что исправление той крепости и определенная на то сумма, из которой и реченную церковь содержать подлежит, отдана в 1732 году в ведомство канцелярии главной артиллерии и фортификации». То же отвечала контора строений в 1770 г. Коменданту канцелярии на вторичное ходатайство его в Сенат о построении в крепости церкви (Указ из конторы строений 1770 г. июня 13, №3789). Просить об этом побудило комендантскую канцелярию шлиссельбургское духовное правление, заявлявшее, что в палате, в которой по резолюции архиепископа Гавриила помещалась с 1767 г. временная церковь, появилась сырость, угрожающая порчею всему церковному имуществу. Комендантская канцелярия, не удовлетворившись ответом конторы строений, обратилась прямо в Сенат (Донесение комендантской канцелярии в Сенат 1770 года июля 13-го, №278), минуя канцелярию артиллерии. Из Сената вскоре дан ответ, что все дело вместе с планами «для немедленного рассмотрения и решения» передано еще в 1764 г. в коллегию экономии для того, что по данной той коллегии в 1763 г. инструкции она должна иметь своего архитектора, с подмастерьями и учениками, для рассмотрения проектов новых строений и нужных церковных починок; при этом Сенат выразил, что новая церковь в крепости должна быть каменная (Указ Сената в комендантскую канцелярию 1770 г. октября 8-го, №7706). Впрочем коллегия не торопилась: план, фасад, профиль и смета предполагаемой церкви, составленная архитектором коллегии Вистом, представлены были в Сенат не ранее конца 1772 года. По новой смете требовалось 28 363 р. 75 к. Но явилось новое затруднение: смета была составлена по петербургским, а не по шлиссельбургским ценам. Недосмотр этот должна была исправить комендантская канцелярия и она же обязывалась поискать в тамошней команде людей, которые бы вместо архитектора могли руководить мастеровых и работников (Указ его туда же 1772 г. декабря 13-го №№10, 481).
Канцелярия обратилась в шлиссельбургскую команду и в канцелярию Ладожского канала: но получила ответы отрицательные. В канцелярии ладожского канала заявляли: чтобы кто из них (офицеров) в состоянии был таковое знатное строение, какою церковное бывает, строением произвести того не уповательно (Рапорт инженерной команды 1772 г. декабря 30-го, №1124; указ из канцелярии Ладожского канала 1773 г. января 8-го, №32). Комендантская канцелярия отослала эти отзывы в Сенат, который в видах точнейшей сметы по крайней мере на счет объема храма, указом 1-го марта 1773 г. потребовал вернейших сведений о числе жителей Шлиссельбурга. По справкам жителей оказалось 1 101 мужского пола и 820 женского (Доношение шлиссельбургской полицейской конторы 1773 г. марта 8-го №17 и промемория из конторы Ладожского канала 1773 г. марта 16-го, №21). Не принимая во внимание этой цифры и заботясь о сокращении расходов, Сенат решил выстроить храм только для крепости и потребовал сведений о числе людей только в крепости (Указ Сената 1773 г. июля 7-го, №3334). Получив сведения, Сенат сократил смету до 9 384 р. 30 к. (Указ Сената 1774 г. октября 24-го, №14597) и сумму эту рассрочил на три года. На торгах сумма была уменьшена еще на 8 250 р. (Указ коллегии экономии 1775 г. мая 25-го, №2123).
В начале 1775 г. постройка начата по плану Виста под наблюдением архитектора коллегии экономии Паульсона подрядчиком петербургским купцом Иваном Кореневым. Постройка окончена в 1776 году (Указ коллегии экономии 1774 г. декабря 17-го, №5072; рапорт шлиссельбургского коменданта в коллегию экономии 1775 г. января 23-го, №35; указ коллегии к коменданту 1775 г. мая 23, №2123. Опись церковного имущества 1800 года). От незнания ли дела или от скудости средств и от недобросовестности строителей новый храм явился в неудовлетворительном виде. Вместо каменного колокольного шпица, как полагалось по проекту, он венчался деревянным, а в стенах тотчас по окончании постройки оказались 4 трещины. Об этом комендант Цыглер рапортовал коллегии экономии. Для поверки рапорта и обревизования постройки послан был тот же Паульсон, который и строил церковь. Он нашел, что деревянный шпиц, по причине тонкости стен (не более 11/2 кирпича), пригоднее каменного; трещины же нашел очень узкими, в четверть дюйма, и не сквозными, следовательно не опасными. Не полагаясь на это показание, коллегия экономии поручила произвести новую ревизию геодезисту капитану Герасиму Карасеву (Указ конторы коллегии экономии коменданту Цыглеру 1777 г. мая 5-го, №1581) вместе с Паульсоном. Результат этой ревизии неизвестен; вероятно, Карасев руководился указаниями Паульсона. Все эти ревизии отдалили освящение нового храма до 1779 года (Опись церковного имущества 1800 г.).Храм освящен митрополитом Гавриилом. Неопасные, по мнению Паульсена, трещины вскоре оказались очень опасными. Через 16 лет храм потребовал значительных исправлений, которые и произведены на счет сумм петербургской казенной палаты (Указ духовной консистории 1818 г. октября 16-го, №2535); а в 1804 г. с разрешения митрополита Амвросия из-за больших трещин в стенах и сводах приостановлено в храме богослужение (Указ 1804 г. августа 19-го, №1683. Сохранившийся листок от черновой ведомости о благосостоянии и числе церквей в г. Шлиссельбурге). В 1818 г. крепостное начальство снова должно было начать хлопоты о постройке нового храма.
http://poxoronka.ru/forum/67/59254-sobor-ioanna-predtechi-v-shlisselburgskoj-kreposti