История Спасо-Преображенского храма Свято-Тихоновой пустыни ведёт свой отчёт с 1677 года, когда в деревянной тогда обители, началось возведение каменного храма на месте ветхой Трёхсвятительской церкви, в которой с 1610 года почивали под спудом мощи преподобного Тихона Калужского. Строить его помогали своими вкладами люди всякого чина. При передаче Тихоновой пустыни в ведение московского Донского монастыря в 1684 году, он значился ещё незавершённым. В соборном холодном храме в честь Преображения Господня было два придела в тёплой трапезе: правый придел - во имя святителя Николая Чудотворца (1756 г.) и левый придел - во имя святителя Тихона Амафунтского, Чудотворца (1790 г.).
Кардинальная перестройка храма произошла при игумене Геронтии, при непосредственной помощи благотворителя, калужского помещика Н. И. Шепелева, получивший под спудом этого храма семейную усыпальницу. В 1846 году была разобрана и перестроена заново трапезная часть церкви, а к восточной, северной и южной сторонам храма были пристроены крытые каменные паперти на колоннах, с фронтонами, а в боковых капитальных стенах пробиты арки. У входа в церковь, с обеих сторон западной паперти, находились две т. н. палатки с подвальными отделениями. В верхних отделениях палаток располагались: в правой - пономарная ризница, в левой - пономарня. В нижние отделения палаток вход был снаружи здания. Правый вход вёл в родовую усыпальницу Шепелевых под трапезной частью собора, где наследники благотворителя обители полковника Н. И. Шепелева устроили небольшой подземный храм в честь Воскресения Христова. Позднее холодная часть собора была разобрана при следующих обстоятельствах...
В 1839 году в монастырь Оптина пустынь пришёл двадцатипятилетний молодой человек. Михаил Фёдорович Красильников был родом из Болхова Орловской губернии, горел желанием стать монахом и находиться под духовным руководством известного оптинского старца Льва. В 1847 году он принял в Оптиной пустыни монашеский постриг с именем Моисей, а позднее и священнический сан. В 1858 году иеромонах Моисей (Красильников) был избран новым настоятелем Тихоновой пустыни, на место недавно почившего игумена Геронтия. Первым делом новый настоятель Тихоновой пустыни решил довести начатое при его предшественнике благоукрашение Спасо-Преображенского храма, так как отец Моисей считал, что в первую очередь должен заботиться о красоте дома Божьего. При игуменстве отца Моисея в Тихонову пустынь хлынули богомольцы из всех сословий: и неграмотные крестьяне и дворяне. Появились в монастыре и новые щедрые благотворители, что позволило начать строительство нового храма, взамен более скромного, менее благолепного. Старую основную часть, в которой появились трещины, было решено полностью разобрать и на её месте отстроить уже новую церковь.
На закладку Преображенского храма приехал Калужский архиепископ Георгий. Есть воспоминания очевидцев, что во время освящения места для будущей церкви в небе над монастырём появилось маленькое облачко и пролился дождик, оросив землю только над участком, отведённом под строительство. "Это есть знак благодати Божией, что милость Божия - с нами грешными, Господь свыше окропил", - отметил Владыка. Строительство Спасо-Преображенского храма, в котором участвовали многочисленные благотворители, продолжалось семь лет. В результате чего, в 1886 году в старинной калужской обители появился каменный величественный храм в русско-византийском стиле, чьи монументальные формы сочетались с изысканными архитектурными украшениями.
В отстроенном Преображенском храме было два дополнительных придела: правый - во имя Владимирской иконы Божьей Матери, левый - во имя Рождества Иоанна Предтечи. Примыкавшая к храму с западной стороны трапезная "тёплая" (отапливаемая) часть с портиком постройки 1840-х годов была сохранена и реконструирована под один стиль с возведённым храмом. В двух её приделах - Тихоновском и Никольском - были созданы резные иконостасы и заново расписаны стены и своды. Через одну из входных "палаток" был устроен проход в освящённый в честь Воскресения Христова подземный храм-усыпальницу благотворителей обители Шепелевых. Таким образом, новый Преображенский собор, освящённый в 1886 году, стал шестипрестольным.
Вот что писали тогда путеводители о главной достопримечательности Тихоновой пустыни: "Соборный храм новейшей "эклектичной" постройки представляет грандиозное здание в три света, с хорами большой вместимости, иконостас в нём очень богатый и весьма красивый. Здание храма каменное, в виде креста, с пятью главами, увенчанными золочёными крестами". Внутри Преображенский храм был расписан фресками, отделан под мрамор и украшен тремя прекрасными иконостасами. Благодаря щедрости прихожан над гробницей преподобного Тихона была сооружена драгоценная серебряная рака. В общей сложности на храм всем миром пожертовали 100 000 рублей, и из этих средств хватило ещё и на строительство новой четырёхярусной колокольни с "часозвоном" над святыми воротами. Архимандрит Моисей скончался 4 ноября (17 ноября по новому стилю) 1895 года и был похоронен под спудом построенной им святыни.
К началу ХХ века Тихонова пустынь была одним из наиболее известных и почитаемых монастырей в Российской империи. Тысячи богомольцев стремились попасть в Преображенский храм, чтобы поклониться мощам святого Тихона Калужского. Возле раки беспрерывно служились молебны и читался акафист преподобному Тихону. Праздничные богослужения в монастыре проходили как в Преображенском соборе, так и в огромном Успенском храме (выстроенном к тому времени), вмещавшем более 1000 человек. Тихая и размеренная жизнь калужской обители протекала в спокойной атмосфере, пока не свершилась октябрьская революция 1917 года. Так, 11 октября 1918 года в монашескую обитель прп. Тихона, уже в третий раз явились представители новой советской власти в сопровождении вооружённых красноармейцев и объявили решение исполкома Калужского уездного Совета о закрытии монастыря Тихонова пустынь. Представители новой власти стали опечатывать кельи, приказав всем монахам немедленно покинуть монастырь. Те, кто не пожелал подчиниться приказам, изгоняли силой. Монастырь был разграблен, иконы, церковная утварь и другие ценности конфискованы. В Преображенском храме в приделе преподобного Тихона Калужского безбожники разгромили алтарь, а также подземную усыпальницу храмоздателей Шепелевых, Жуковых, Лавровых и князей Урусовых, надеясь найти там несметные сокровища. При этом комиссар взял из алтаря Преображенского храма архимандритскую мантию, надел на себя и в таком виде расхаживал по монастырю. Отец Иона стоя на коленях просил, чтобы кощунник вернул облачение и не глумился над не принадлежавшему ему святому облачению, над богослужебными традициями, но все просьбы не увенчались успехом.
В 1924 году монастырь Тихонова пустынь по документам был окончательно ликвидирован, и все монастырские церкви закрыты. Территорию обители занял волостной исполком, а также ряд советских учреждений. В конце 1920-х годов полностью был взорван и разобран на кирпичи Преображенский храм, так как кому-то из советского начальства пришло в голову, что на этом месте нужно устроить сквер для отдыха трудящихся. С территории монастыря убрали все надгробные памятники, на их месте насадили деревьев и установили скульптуры Ленина и спортсменов. Буквально 60 лет на месте бывшего храма и старинных захоронений росли деревья и кустарники так называемого "парка отдыха трудящихся", в центр которого стояла скульптура "Девушка с веслом".
В конце 1980-х годов в Советском Союзе, под давлением православных верующих и всех неравнодушных граждан, местная власть нехотя стала возвращать РПЦ отобранные некогда у прихожан храмы и монастыри. Так, возрождение мужской Свято-Тихоновой обители, началось с 15 апреля 1991 года, с того дня, когда был подписан документ о передаче зданий и территории Калужской епархии, принадлежавших ранее этому монастырю. Началось тогда с обустройства переданного забетонированного и обнесённого колючей проволокой, Святого источника прп. Тихона Калужского.
Монастырь возродился в 1992 году. В 1998 году дошло дело и до снесённого Преображенского собора. Раскопки фундамента разрушенного безбожниками храма начались в июле 1998 года. В середине 2000 года в процессе реконструкции разрушенного храма, в его цокольной части был найден кирпичный склеп с дубовым гробом, хранившим в себе останки человека в зелёном священническом облачении. По предположениям учёных, это была могила наместника монастыря и строителя последнего здания Преображенского храма, архимандрита Моисея (Красильникова). Примечательно, что обретение захоронения произошло 17 ноября (4 ноября по старому стилю) 2000 года, в день памяти местночтимых тихоновских подвижников: архимандрита Моисея (Красильникова) и иеросхимонаха Ефрема (Неклюева). Останки временно были с честью перезахоронены в монастырском некрополе.
Архитекторами проекта нового возводимого собора выступила выпускница Московского архитектурного института (МАРХИ) москвичка Полина Гридасова, которая уже двадцать лет живёт рядом с монастырём и участвует в восстановление некоторых монастырских сооружений. Неоценимую помощь в проектировании собора также внёс Олег Петрович Гридасов и специалисты "Творческой мастерской архитектора О. Гридасова". В нижнем ярусе Преображенского храма находится придельный храм во имя прп. Тихона Калужского, где в полумраке, среди свечей и лампад, стоит резная из дерева рака над мощами святого Тихона, находящихся под спудом. В верхнем Преображенском храме устроены два придела: правый в честь иконы Пресвятой Богородицы "Иверская", левый - во имя Собора Оптинских старцев.
Великое освящение нового Преображенского собора совершил митрополит Калужский и Боровский Климент 28 августа 2009 года на празднование Успения Пресвятой Богородицы.
Из книги: О. Клюкина "Хорошо нам здесь быть: Калужская Свято-Тихонова пустынь от ХV векадо наших дней". - Калуга: Калужская Свято-Тихонова пустынь, 2019