Каменная церковь Преображения Господня была построена иждивением Петрозаводского купца 1 гильдии потомственного почетного гражданина Марка Пименова в 1853-1855 гг. 10 июня 1855 года состоялось ее освящение. На строительство ушло 15000 серебром. Над мощами преподобного, почивающего в церкви Преображения Господня в 1856 году, купеческою женою Матреною Тимофеевной и купцом Марком Пименовым была устроена вызолоченная резная рака. На верхней доске изображение преподобного Ионы Яшезерского в ризе серебряной 84 пробы чеканной, венец серебряный позолоченный. Весу в ризе 14 фунтов 44 золотника, обнесена чугунной решеткой.
12 сентября 1857 года указом Святейшего Синода Яшезерская пустынь получила самостоятельность с учреждением строителя и назначения штата монашествующих из 7 человек. От пожертвований и доходов монастырских земель был выстроен новый комплекс зданий, характерный прежде всего каменными постройками. Сооружена новая ограда с башнями по углам, два двухэтажных келейных корпуса. За пределами ограды возведены гостиница для паломников и хозяйственные постройки: скотный двор, сенник, конюшня, четыре хлева, кузница, баня, смолоплавильня, рига, каретник, прачечная и проч. С этого времени обитель переживает свое второе рождение.
Непосредственный очевидец этих событий иеромонах Нафанаил в своем рапорте епископу Аркадию пишет так: "Исполнение всей постройки церкви по плану и фасаду - превосходно. Церковь эта (Преображенская) еще не оштукатурена снаружи, но будет удивительно как хороша. Эта теплая каменная церковь великое украшение обители Яшезерской, истинное утешение ея и радость для окрестных жителей, толико усердствующих и благоговеющих к святости места сего, ради почивающего в оном не тленными своими останками святого основателя пустыни преподобного Ионы - радость для всех истинных поклонников дивного во Святых Бога нашего". В сентябре того же года были доставлены в пустынь вее иконы для трехъярусного иконостаса Преображенской церкви, выполненные по заказу и на счет благотворителя из Санкт-Петербурга. "Иконы эти я видел, - продолжает описание иеромонах Нафанаил, - но, не будучи сведом в иконописании и живописи, не беру на себя обязанность оценивать их по художеству, а скажу только, что такие иконы - редкость в здешнем краю. При мне, - пишет Нафанаил, - как бы на счастье, привели корову в подарок обители и еще двух привести обещались из Ладвы и Шокши".
В советское время монастырь был упразднен и закрыт. Имущество "национализировано". На территории монастыря располагались пенитенциарные учреждения, летние лагеря, лесхозпредприятия и лесозаготовители и проч. Вследствие такого использования монастырь стал быстро приходить в упадок и к началу 80-х годов ХХ века большей частью разрушился...
http://www.yashezero.ru/index.phtml?w=6
После закрытия монастыря в 1918 г. храм был разграблен, колокольня снесена, могила основателя монастыря св. Ионы в храме разорена. Десятками лет этот храм был тиром для приезжающих сюда охотников, которые выстреливали свой боевой арсенал, оставшийся у них после неудачной охоты. В 2002 г. настоятель вместе со студентами расчистили завалы от разрушений в храме. Была надежда, что на этот порыв молодежи откликнется и местная власть, но, увы, в глубинке другие законы и порядки. До сего дня не проведена даже консервация здания, которую могут делать только нанятые организации с лицензией. У монастыря таких денег нет. Власти республики и района не помогают также из-за отсутствия финансирования. Когда-то его построил человек широчайшей души - Марк Пименов, купец первой гильдии г. Петрозаводска. Может и сегодня, где-то есть человек способный не дать погибнуть православной святыни Русского севера.
http://www.yashezero.ru/browser.phtml?what=8&a=16
