Вполне возможно, что в древности, чуть-ли не со времён татаро-монгольского нашествия, возле Спасо-Преображенского монастыря существовала деревянная церковь в честь Богоявления Господня. Но вот первое документальное упоминание о Богоявленской церкви относится к 1530-м годам и содержится в приписке к жалованной грамоте Василия III вышеупомянутому монастырю от 1511 года. В "приписке" говорится, что "Великий князь блаженныя памяти Великий государь Василей Иванович всея Руси прежнего Спасского архимандрита Иону с братиею пожаловал в Ярославле пустым местом на можжевельнике за посадом под Никитскою слободою... да под монастырем тремя пустыми дворищи и жалованную грамоту на те места им дал и он на тех на трех пустых дворовых местах устрои Божие милосердие храм Богоявление Господа нашего Иисуса Христа..." Таким образом, дату рождения Богоявленской церкви следует искать между 1511 и 1530 годом.
В Писцовых книгах 1627-1628 годов храм Богоявления упоминается уже как центр слободы, именовавшейся по храму, Богоявленской и принадлежавшей Спасскому монастырю: "Спасского жъ монастыря слободка Богоявленская у монастыря за рвом, а в ней церковь Богоявления Господня деревяна, строенье монастырских крестьян". Вскоре Ярославль пережил настоящий бум каменного храмового строительства. Один за другим появлялись всё новые и новые храмы - складывалась, сама того не зная, ярославская школа зодчества и монументальной живописи. Богоявленский храм был одним из последних "классических" храмов ярославской школы. В камне его выстроили в 1684-1697 годах, спустя шестьдесят с лишним лет после постройки Николо-Надеинской церкви, первой в ряду ярославских храмов ХVII века. Ктитором каменного Богоявленского храма стал, как можно судить по ныне утраченной (но сохранённой для нас дореволюционными исследователями церковной старины) надписи в алтаре, "Ярославец гостиной сотни Алексий Авраамов сын Зубчанинов". Эта же надпись сообщала, что Зубчанинов "сострои сию святую церковь по обещанию своему". Принадлежность к гостиной сотне маркирует Зубчанинова как человека весьма состоятельного, оборотистого купца (большинство ярославских храмов построено именно купцами; или, во всяком случае, купеческие храмоздательные вклады оказывались наиболее существенными среди других мирских пожертвований). Торговал он юфтью - кожами дорогой выделки - и был, как доносят его сохранившиеся документы эпохи, "наследственно благочестив". Итак, "по обещанию своему" Алексей Зубчанинов начал строить Богоявленскую церковь. Строительство шло постепенно, без спешки, о чём свидетельствует "хроника" освящения приделов, содержащаяся в клировых ведомостях: в 1686 году, ещё при митрополите Ионе (Сысоевиче), освятили южный придел во имя прп. Димитрия Прилуцкого, в 1693-м - центральный престол, в 1697-м - северный придел в воспоминание Страшного суда. Известно, что главный престол освящал "великий господин преосвященный Иоасаф, митрополит ростовский и ярославский".
По сравнению с более ранними ярославскими посадскими храмами (к моменту постройки Богоявленской церкви счёт их шёл уже на десятки) Богоявленский имел ряд существенных особенностей. Что уж породило их - развитый ли вкус заказчика, влияние ли великого храмоздателя Ростово-Ярославской земли митрополита Ионы - теперь не разберёшь. Главная особенность, почерпнутая ярославцами у москвичей, - бесстолпность храма. Но в Москве бесстолпные храмы в ХVII столетии были, как правило, небольшими, камерными. А Богоявленский храм сохраняет монументальность, свойственную памятникам ярославской школы. В ХVIII-ХIХ веках Богоявленский храм жил очень скромно. Лишь один раз в году - на праздник Богоявления - он становился центром церковных и народных торжеств. Церковь с течением времени изменилась очень мало. Расписали его ещё до освящения главного престола (такой вывод исследователи делают из того, что "завороты" иконостаса - современного постройке храма - частично закрывают живописные изображения на стенах, то есть фрески появились раньше иконостаса), а затем вмешательства в его устройство были исключительно вынужденными, связанными, например, с такими драматическими событиями, как пожар. Пожар случился в 1753 году и серьёзно повредил верхнюю часть церкви, вследствие чего она получила железную кровлю (вместо первоначальной черепичной) и главы сложной барочной формы, с "юбочками" (именно таковы они на дореволюционных изображениях храма).
В 1799 году внешность храма и его "наполнение" подверглись описанию - несколько по-канцелярски сухому, но тщательному. Та что можно представить себе, как церковь выглядела накануне ХIХ века (а за вычетом железной кровли - и за сто лет до того): "Означенная настоящая холодная во именование Богоявления Господня церковь с двумя приделами есть каменного здания одноэтажная, о пяти главах, из коих большая срединная из луженого, а прочие четыре по углам из простого листового железа, выкрашенные зеленой краскою. Кресты на них железные луженые. На придельных церквах главы крыты черепицею, кресты железные, укрепленные железными же цепьями. Алтарь настоящей церкви крыт листовым железом и по железным стропилам, а церковь по кирпичу железом же. На приделах и паперти крыши листового железа по дереву выкрашенные же все черною краскою. Под означенной крышею с полуденной стороны на церковной стене написан образ Богоявления Господня в железной киоте. С северной коронования Богоматери в деревянном киоте. С запада над папертью Отечество. Стены церковные снаружи ничем не отбелены, а токмо карнизы верхние зделаны изразчатые. Вход с западной стороны приделан к паперти на каменных столпах с деревянною крышею... Во всех окошках решетки, затворы и закладки железные, оконницы слудяные в железных рамах". Судя по этому же описанию, Богоявленский храм имел довольно богатое собрание книг - 62 наименования, и среди них четыре напрестольных Евангелия в серебряных позолоченых окладах.
Приход Богоявленского храма составляли между тем по большей части люди весьма скромного достатка - ремесленники, чиновники не выше десятого класса, мещане, монастырские служители (что и не странно, учитывая близость Спасского монастыря). Да и сам приход был невелик. Та же опись 1799 года фиксирует в нём всего 188 душ "обоего пола". Однако при своей малочисленности и незавидности заработков прихожане всегда находили средства на содержание причта (хотя оно и было "весьма скудным", как отмечают консисторские документы) и поддержание самого храма в пристойном виде. Так, в конце ХVIII века приход на собственные средства выстроил дом для причта. Единожды в году церковь Богоявления становилась как бы главной в Ярославле. Происходило это, разумеется, на Крещение. Рядом с храмом на реке Которосли устраивали прорубь для освящения воды - Иордань, а само торжество начиналось крестным ходом из Спасского монастыря, возглавляемым архиреем (в монастыре с конца ХVIII века находился архирейский дом). Затем в Богоявленском храме служили литургию, а уж после шли на Иордань. В остальное время церковь жила скромной жизнью, ничем не отличавшейся от жизни других приходских храмов Ярославля. Впрочем, один раз экстраординарное событие в неурочное время - в июне - врезалось в её размеренное существование (и запомнилось прихожанам надолго). Из-за пожара, случившегося в 1831 году в Спасском монастыре, в Богоявленский храм перенесли одну из главных святынь города - мощи святых благоверных князей Фёдора, Давида и Константина. Мощи пребывали в посадском храме несколько дней.
Как уже сказано, облик Богоявленского храма почти не менялся в ХVIII-ХIХ веках. Но некоторые перемены ему всё же пришлось пережить. Производились они вынужденно: к началу ХIХ века храм, как ни крепко был построен, начал ветшать. А ремонт - это всегда известное "поновление" и переустройство. Первым поддался разрушительному воздействию времени Димитриевский придел. Его фундаменты стали проседать, на стенах и сводах появились трещины. В 1828 году прихожане обратились в Духовную консисторию за разрешением на выполнение необходимых ремонтных работ. Разрешение получили, и в 1830 году начался ремонт, заключавшийся главным образом в устройстве новых перекрытий. Кроме того, заложили вход в придел из главного храма, а взамен него пробили отдельный вход с западной стороны, оформленный особым крыльцом (Дмитриевский придел был тёплым, службы в нём шли и тогда, когда в основном храме не служили, так что с точки зрения повседневного удобства это, несомненно, представлялось разумной мерой). В 1844 года "ремонтная очередь" дошла и до северного придела. Последний крупный дореволюционный ремонт состоялся в 1886 году. Вёлся он "тщанием ярославского купца Василия Яковлевича Кузнецова". Возобновлённая "по внутреннему и наружному виду", Богоявленская церковь получила в том числе новые изразцы взамен утраченных со временем. Точнее, "как бы изразцы". Настоящих многоцветных изразцов так украшающих ярославские храмы и придающих им особое своеобразие, тогда уже не делали, секрет их изготовления был утрачен. А поступили довольно простым образом: изготовили алебастровые "копии", раскрашенные масляными красками. Новая эпоха, наступившая в 1917 году, сказалась на состоянии Богоявленской церкви почти сразу же.
В 1918 году Ярославль пережил одно из самых трагических событий в своей истории - белогвардейский мятеж. Восстание жестоко подавили, в течение нескольких дней город "накрывали" артобстрелы, нанёсшие серьёзный ущерб и храму, и жилой застройке. Богоявленская церковь утратила в результате обстрелов перекрытия, кровлю, кокошники, завершающие стены четверика. Снаряды пробили главы церкви, южную и западную стены в нескольких местах. Южный придел выгорел полностью, вместе с иконостасом и всей утварью. Храм, таким образом, оказался фактически в развалинах. Но, несмотря ни на что, богослужебная жизнь в нём продолжалась. Естественно, ни у прихожан, ни у властей не было средств на масштабную реставрацию памятника, хотя в 1920 году реставраторы обследовали повреждения храма и дали рекомендации по восстановлению. Более того, в 1922 году Богоявленскую церковь, и без того находившуюся в самом жалком положении, ещё и "раскулачили" - в пользу голодающих.
У общины Богоявленский храм отобрали в 1927 году с передачей его музею. Для закрытия требовался формальный повод, и в случае с данным храмом нашёлся он исключительно просто: плохое содержание здания, приведшее его к аварийному состоянию: "Бреши в стенах, образовавшихся от обстрелов во время белогвардейского мятежа 1918 года, не заделываются и вообще не производится никаких ремонтов, между тем как означенный храм является ценным историко-художественным памятником". В 1929 году встал вопрос о его сносе. К счастью, намерение это не осуществилось, а вскоре реставраторы сумели подлатать самые болезненные дыры на теле храма. В 1935 году Богоявленскую церковь признали памятником, охраняемым государством. Но тогда же, несмотря на статус храма, в нём устроили гараж и авторемонтную мастерскую. Надо ли говорить, что такое использование здания не пошло ему на пользу. В особенности страдали фрески: прямо по ним проложили электропроводку, часть росписей в нижнем ярусе просто сбили вместе со штукатуркой. Кроме того, постоянная вибрация, которую "производили" мастерские и гараж, сказалась на состоянии стен. Эти и другие проблемы выяснились в результате осмотра, проведённого сотрудниками Ярославской специальной научно-реставрационной производственной мастерской, организованной в 1951 году, после чего объектом занялись реставраторы. Первую серьёзную реставрацию в своей истории Богоявленская церковь пережила в 1950-е годы, когда реставраторы постарались вернуть ей первоначальный облик, после которой, в 1973 году, в основном помещении здания открылась музейная экспозиция.
В 2000 году в южном приделе Богоявленского храма возобновилась богослужебная жизнь. Северный же придел практически не используется (он изначально был мало приспособлен для регулярных богослужений), а в центральный храм, который именно и представляет главный познавательный, если можно так выразиться, интерес, вход осуществлялся по билетам, т.е. ведал им музей. Лишь совсем недавно, на основании принятого в 2010 году закона, состоялась долгожданная передача храма Ярославской епархии.
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по Святым местам". Выпуск №106, 2014 г.