Церковь святого Иоанна находится на вершине самого высокого холма в пределах главного поселения на острове. Ранее она составляла часть более крупного, возможно, монастырского комплекса, но от него уже очень давно оставались только хозяйственные постройки, прежде всего ветряные мельницы, от которых церковь и получила свое неофициальное название - святого Иоанна у Башни. При этом, как минимум, три крупных храма находилось на расстоянии всего нескольких десятков метров.
В древности на этом месте находилось святилище Асклепия. Пережитки языческих обрядов, по свидетельствам современников (Евстратий Дракос), сохранялись вплоть до XIX в. - так, по обычаю, на вершине холма больные горожане приносили в жертву петуха, чтобы исцелиться.
После изгнания греческого населения церковь использовалась в утилитарных целях и медленно разрушалась.
В 2007 г. была произведена реставрация на средства фонда Р. Коча, и в здании открылась библиотека имени Недждета и Севим Кент (турецкого дипломата, спасшего некоторое количество евреев во время Холокоста, и его жены).