Кускунский Петропавловский приход был открыт в 1857 году, будучи выделен из прихода Введенского храма села Березовского. В 1862 году был построен деревянный однопрестольный храм.
К приходу, кроме села Кускунского, в начале 1910-х годов принадлежал поселок Самарский, находящийся в 12 верстах от села и заселенный переселенцами из Витебской, Могилевской и Минской губерний. Действовала церковно-приходская школа, церковная библиотека была довольно бедна. Причт по штату состоял из священника и псаломщика
Записи церковнослужителей прекращаются в метрической книге за 1920 год, с апреля этого года записи рождения, браков, смертей велись как гражданская регистрация. В документах исполкома Манского районного Совета народных депутатов за 1972 год имеются сведения, что богослужения в храме не проводились с 1930 года.
16 января 1938 года церковь была официально закрыта, здание передано в распоряжение сельского совета. Далее в помещении церкви были клуб, ясли, зернохранилище.
В 1984 году здание сгорело.