Данный храм был последним действующим в годы гонений на Церковь. Храмы Ханты-Мансийска и ближайший в районе были закрыты или разрушены к началу 1930-х годов, а богослужения в Шапшинском храме продолжались до конца 1950-х годов. Во многом этому способствовало мужество прихожан местной православной общины, обратившейся с письмом к М.И. Калинину с просьбой не закрывать церковь.
В последние перед закрытием Шапшинский храм окормлял игумен (впоследствии архимандрит) Парфений (Невмержицкий). Он много потрудился для прихожан Шапша и Ханты-Мансийска, сам выстроил дом рядом с церковью. Позже дом был сожжен, а отец Парфений выслан в Тобольск. Деревянный храм в честь святого Евфимия был переоборудован в клуб и в середине 1980-х годов сгорел. В настоящее время на этом месте построены жилые дома.
В 2014 году по ходатайству жителей деревни Шапша, по благословению митрополита Павла в Шапше была воссоздана православная община. 17 августа архипастырь освятил закладной камень храма святого преподобного Евфимия Великого.
1 марта 2015 года митрополит Павел совершил освящение куполов, 10 октября — колоколов нового храма, деньги на колокола собирали буквально всем миром. Отливали их в Ростовской области. 22 ноября, в день иконы Божией Матери «Скоропослушница», в храме была совершена первая литургия.
17 апреля 2016 года, в Неделю 5-ю Великого поста, день памяти преподобной Марии Египетской, митрополит Ханты-Мансийский и Сургутский Павел совершил чин великого освящения храма преподобного Евфимия Великого в деревне Шапша и Литургию в новоосвященном храме.