Село Никольское, стоящее на левом берегу реки Химки в 10 верстах от Москвы по Тверскому тракту, впервые отмечается в писцовой книге 1584 года. Кроме "вотчинникова" двора в селе имелось "пять дворов людских, да место дворовое попово". Деревянная клетская церковь во имя Николая Чудотворца возвышалась на берегу речки Химки, но тогда уже стояла "без пения".
В 1617 году половина села в качестве приданного переходит к князю Д.М. Черкасскому и с тех пор более ста лет Никольским владеют князья Черкасские. При них был построен новый храм, в котором возобновились богослужения. Голландец Бальтазар Койетт, находившийся в 1676 году в Москве в составе нидерландского посольства, сообщает, что село Никольское полностью выгорело, но местная церковь в огне не пострадала, и далее: "В селе не было ничего хорошего, кроме столь красивой и изящной церкви, какой я среди деревянных ещё не видывал".
Церковь святителя Николая Мирликийского Чудотворца построена в первой половине XVII века в усадьбе князей Черкасских. Она представляла собой двухэтажный квадратный сруб, крытый высоким шатром, украшенным двумя рядами бочек и завершался крещатой бочкой. С востока к основному объёму примыкал апсидный прируб с бочкой, поставленной вдоль поперечной оси храма. Церковь имела высокое, идущая по уровню второго этажа, гульбище с крыльцами, которые также завершались бочками. Они имели по одному маршу, направленному по перпендикулярному к гульбищу направлению. Интересно были выполнены главные ворота ограды храма в виде высокой двухпролётной арки с трехглавым шпилевым завершением.
Известное изображение этой церкви имеется в альбоме шведского фортификатора Эрика Пальмквиста 1674 года. Подпись под изображением: "Никольский монастырь построен из дерева и очень красив. Он находится в семи верстах от Москвы. Обычно здесь всегда несколько дней иностранные послы ожидают разрешения на въезд в Москву". То, что здесь ожидают послы - это понятно: дорога западного направления, из Великого Новгорода (Санкт-Петербурга ещё тогда не было). С монастырём - дело сложнее. Его здесь никогда не было. Если внимательно присмотреться на рисунок, замечаешь низкую церковную ограду, причём конструктивно очень слабую. На территории не видно ни одного монастырского корпуса. Это всё говорит о обычной загородной усадебной церкви. Первым это подметил ещё в 1930-х годах архитектор-реставратор Петр Дмитриевич Барановский. Есть сведения, что он даже проводил здесь археологические раскопки, которые проводились перед строительством канала Москва-Волга.
В переписной книге за 1686 год села Никольского изложено, что: "… в селе церковь деревянная с нижней службою, в верхней службе Николая архиепископа Мирликийского чудотворца, а в нижней Алексия митрополита Московского чудотворца, а в церкви образы, и книги, и ризы, и на колокольнице колокола и всякое строение вотчинниково".
В 1743 году село Никольское в качестве приданного княжны Варвары Алексеевны Черкасской переходит при замужестве её за Петра Борисовича Шереметева. С тех пор Никольское остаётся во владении рода Шереметевых.
Церковь простояла до 1831 года, когда была разобрана по ветхости и больше никогда на этом месте не восстанавливалась, а сельцо Никольское стала приходом храма села Всехсвятского. Место Никольского храма было показано на Топографических картах окрестностей Москвы 1848 и 1856 годах. Основа этих карт снята Военно-Топографическим Депо под руководством генерал-лейтенанта Федора Федоровича Шуберта в 1838 и 1839 годах.
Во вт. пол. XIX века в Никольском развивается кирпичный промысел. Поблизости сельца строятся несколько кирпичных заводов. Так, церковный староста, владелец одного из кирпичных заводов, Терентий Иванович Донской пожертвовал в 1866 году на строительство каменного храма в честь иконы Божией Матери "Знамение" в селе Аксиньино Московского уезда 100000 кирпичей. Кирпичный завод Петра Николаевича Туманова был одним из основных поставщиков кирпича при строительстве Верхних Торговых рядов (нынешний ГУМ).
Знаменательным событием в жизни сельца Никольское стало открытие в 1895 году уездной земской больницы, для которой выбрали место на 16 версте Петербургского шоссе.
В 1932 году в непосредственной близости от Никольского развернулось строительство канала Москва-Волга (с 1947 г. - канал им. Москвы). В районе бывшего сельца Никольское на берегу Химкинского водохранилища был возведён Водный стадион, а чуть далее от Москвы - Северный речной вокзал и грузовой порт. Характер местности после создания Химкинского водохранилища координальным образом переменился - всё что стояло на высоких холмах коренного берега р. Химки оказалось на берегу водохранилища, где были созданы парки, а вся пойменная территория оказалась затоплена.
Сразу после VI Всемирного фестиваля молодежи и студентов 1957 года Никольское, Аксиньино и Головино в 1958 году включили в состав Москвы. Началась их интенсивная застройка.
В 2019 году на территории бывшего сельца Никольское, в 360 м к югу от места Никольского храма, был построен (точнее, перевезён из Южного Тушина) небольшой шатровый деревянный храм пророка Илии. Спустя 188 лет после закрытия Никольской церкви на этом месте вновь начались богослужения.
27 декабря 2021