Первые сведения о Исайковской церкви встречаются у украинского краеведа Лаврентия Похилевича. Он пишет, что церковь в честь Архангела Михаила упоминается в описании визита 1741 и 1746 гг. Богуславского деканата «как давно существующей и имевшей давний фундуш [владения] в землях». Она была построена в 1726 г., «священником при ней тогда был Дионисий Николаевич, посвященный 4-го августа 1717 года в Киеве митриополитом Кроковским, в 1739 году утвержденным в Львове униатским митрополитом». Просуществовала церковь до 1748 г., вместо нее выстроили деревянную, дубовую. Освятил церковь Иоанн Визерский, декан Богуславский, «по штатам отнесена к 4-м класса, земли имеет указную пропорцию. Земли эти, как значится в Визите Богуславского деканата, куплены прихожанами и священником». Во время Великой Отечественной войны старый храм был полностью разрушен прямым попаданием снаряда.
Вопрос о строительстве храма встал в 1997 г. По просьбе жителей сел Исайки и Яцюки Богуславским потребительским обществом было передано под храм здание бывшего хозяйственного магазина. В 1998 г. проводились подготовительные работы: собирались средства, закупались строительные материалы, изготовлены окна, разработан проект храма. Автором проекта стал бригадир Федор Федорович Мартыненко. С помощью настоятеля о. Богдана Лесика, жителей села Исайки был полностью переоборудовал магазин под храм.
В 2000 г. Свято-Михайловский храм был освящен епископом Белоцерковским и Богуславским Серафимом.
По материалам официального сайта Белоцерковской епархии