Старинное Поморское село Нижмозерское (ныне - д. Нижмозеро) расположено в центральной части Онежского полуострова, на южных склонах Онежской гряды, на берегах короткой протоки - реки Нижма, соединяющая Кяндское и Унское озёра, в 60 верстах к северу от уездного города Онеги. В прошлом село являлось транспортным узлом, от которого одна дорога из Онеги через Кянду уходила к Унскому Посаду, а другая - в село Пурнема, отчего окрестные озёра. вдоль которых шли эти дороги, получили их названия. Все окрестные озёра входят в состав Нижмозерской водной системы и соединяются одной рекой Нижма, при этом гидронима оз. Нижмозеро не существует.
Впервые церковь Николая Чудотворца в Нижмозере упоминается в Переписных книгах 7154-7155 (1646-47) гг.: "Волость Нижмозерская за Соловецким монастырем. На погосте церковь Николая Чудотворца…" Таким образом, основание погоста, который впоследствии стал селом, можно отнести ко времени не позже 1-й половины XVII века. В 1661 году на погосте была построена новая Никольская церковь. Погост находился на гривке правого берега Нижмы и как бы парил над селом. За неимением близлежащих окрестных деревень, приход состоял только из одного села.
О времени постройки в селе второй (зимней) церкви документы пока не найдены. Известно, что она была деревянной и сгорела в 1860-х годах. Новую тёплую деревянную церковь построили в 1871 году. Отдельно стоящая шатровая колокольня была построена по типу "восьмерик на четверике", по всей видимости, в XVIII веке.
Кроме приходских церквей в селе в начале ХХ века была построена кладбищенская деревянная Всехсвятская церковь, которая была освящена 7 июня 1902 года. В ХХ веке этот храм был разрушен.
В 1884 году в Нижмозерском приходе открыли школу грамоты, помещавшуюся в трапезной церкви ап. Фомы. В 1894 году в ней учились 23 мальчика и 7 девочек.
Закрыт приход был не позже 1930-х годов. Никольская и апостола Фомы церкви сгорели 13 августа 1986 года.