В 1488 году архиепископ Иоасаф (Оболенский), живший в Ферапонтове на покое, пригласил мастеров для возведения Богородице-Рождественского собора, долженствовавшего сменить старый деревянный храм, уничтоженный пожаром. Пожар этот был весьма силён и повредил многие монастырские постройки. Однако некое "сокровище", хранимое владыкой Иоасафом в своей келье и предназначенное им на нужды обители, осталось в целости. Видимо, оно-то и пошло на постройку каменного соборного храма. Строительство собора длилось около двух лет. Особенности его кладки и декора подсказывают, что тут не обошлось без ростовских мастеров. Это было бы логично, учитывая то, что заказчик - архиепископ Иоасаф - несколько лет провёл в Ростове и знал тамошних искусных зодчих. Возведение каменных храмов было тогда на Севере в диковинку. Ферапонтовский собор стал вторым северным храмом, отстроенным в камне, после собора Спасо-Каменного монастыря. Даже богатая и обширная Кирилло-Белозёрская обитель "запоздала": каменный собор здесь возвели семью годами позже, чем в Ферапонтове. Спустя двенадцать лет после строительства собора, в 1502 году, в Ферапонтово приехал известный живописец Дионисий с сыновьями - расписывать собор. "В лето 7010-е (1502) месяца августа в 6 на Преображение Господа нашего Иисуса Христа начата бысть подписывати церковь, а кончена на 2-е лето месяца 9 сентября... А писцы - Дионисий-иконник со своими чады. О, Владыко Христе, всех царь, избави их, Господи, мук вечных", - гласит древняя надпись на северной стене собора Рождества Богородицы.
Фресковый ансамбль создавался стремительно: 6 августа мастера приступили к работе, а 8 сентября, к престольному празднику, уже завершили её. Именно этот единственный в своём роде памятник монументальной живописи прославил впоследствии Ферапонтов монастырь. До 1898 года эта чудом сохранившаяся роспись была неизвестна. В 1915 году благодаря проводившимся реставрационным работам под руководством Н. Я. Епанечникова в храме, впервые были отреставрированы эти замечательные росписи. Ферапонтовский собор Рождества Богородицы строили в самом конце ХV века. Документальных записей об его авторах не сохранилось, но по всей видимости именно ростовцам принадлежит часть постройки этого знаменитого памятника. Косвенным подтверждением тому является сходство Богородице-Рождественского собора с Успенским собором Кирилло-Белозёрского монастыря. А о нём-то уж точно известно, что возвёл его зодчий Прохор Ростовский. Впрочем, сходство с чем бы то ни было не умаляет достоинств собора Рождества Богородицы.
На основе общерусской схемы (четыре столпа, одна глава и три апсиды) мастера создали уникальное сооружение, характерологическим свойством которого является особая устрмлённость в небо, "превознесённость" над землёй (к слову, кирилловский Успенский собор, напротив, выглядит устойчивым и грузным), причём это свойство" определяет не только его наружность, но и интерьер. Поставленную задачу строители решили не без изящества. Высокий подклет, крытая паперть, придающая собору пирамидальный силуэт, сильно повышенные подпружные арки - вот арсенал их архитектурных находок. Кроме того, раньше "возвышению" собора служили два яруса килевидных закомар и ярус кокошников на прямоугольном основании барабана. В ХIХ веке их, увы скрыла обычная четырёхскатная кровля. Она же мешает увидеть барабан главки, некогда существовавшей над южным приделом свт. Николая. Стремясь к уравновешиванию объёмов, мастера расположили главу основного объёма ровно в центре здания (включая алтарные апсиды). Прежде глава имела шлемовидное покрытие и органически "прорастала" из пирамиды закомар и кокошников. Плоская кровля и барочная главка - усовершенствования позднейшей эпохи. Иное покрытие - тремя щипцовыми кровлями - имела и паперть окружающая собор Рождества Богородицы с трёх сторон (кроме восточной). Вообще, что касается паперти, она не вполне характерна для архитектуры Русского Севера и заставляет вспомнить скорее об архитектуре московской. Прежде на её северо-западном углу находилась небольшая звонница псковско-новгородского типа. Сейчас от неё остался только нижний ярус, составляющий часть паперти. Крытая паперть была возведена сразу вслед за основным объёмом собора и оказалась весьма уместна, ведь "наше северное лето, - по замечанию Пушкина, - карикатура южных зим", а паперть давала укрытие от ветра и дождя.
Стоит сказать, что в холодную пору в неотапливаемом Богородице-Рождественском соборе не служили. Перемены коснулись и основного объёма собора: ради лучшего освещения были пробиты новые окна, что повлекло за собой разрушение части фресок (масштабы разрушения, впрочем, оказались невелики, основной корпус росписей остался в неприкосновенности). Окна и паперти и четверика лишены каких бы то ни было украшений. Ни наличников, ни перспективного суживания оконного проёма. Благодаря этой скупости оформления они как-то не бросаются в глаза, позволяя сосредоточиться на декоративных поясах четверика. Каждый фасад собора декорирован по-своему, при этом наиболее богатое убранство досталось западному (парадному) фасаду. Это видно отчётливо. В то время как закомары западного фасада полностью "заполнены" полосами бегунца, поребрика и нишек, закомары северного фасада лишены украшений. Декоративный пояс проходит лишь под ними.
Перед главным западным входом в собор, перед порогом, строителями положена крупная белокаменная известняковая плита. Этот элемент архитектуры представляется неслучайным. Современный российский библеист архимандрит Ианнуарий (Ивлиев) пишет о том, что в древности белый камень использовался в качестве приглашения на пир, при этом на камне писалось имя приглашающего. "Изменение имени всегда связывалось с изменением сущности человека. Пребывающий верным, христианин получит от Иисуса Христа новое состояние славы, вечной жизни и спасения. Полнота личного общения с Христом выражается в том, что новое имя будет известно только Христу и самому обладателю новой сущности". Таким образом, белый камень, который лежит при входе в храм, является неким приглашением и одновременно пропуском на пир в царство Бога. Иллюстрацию подобного пира Дионисий дал в стенописи собора на западном своде южной арки в композиции, изображающей притчи о брачном пире. Из трёх входов в собор только западный выполнен из белого камня (северный и южный - кирпичные). Выделение западного входа выражает идею того, что только таким путём, имея "камень бел", можно пройти в этот небесный град. Исполнение одного главного входа в собор из белого камня не было традиционным приёмом в древнерусской архитектуре, достаточно посмотреть на ближайшие по времени и месту подобные памятники - соборы Спасо-Каменного и Кирилло-Белозёрского монастырей, в которых все три входа, предположительно, белокаменные. Использование белого камня только для декорации входов в храмах, целиком построенных из кирпича, имело символический смысл, вероятно, связанный с описанием Небесного Иерусалима: "А двенадцать ворот - двенадцать жемчужин: каждые ворота были из одной жемчужины" (из книги "Откровения Иоанна Богослова).
Первое полноценное богослужение в соборе Рождества Богородицы за последние 92 года было совершено 21 сентября 2016 года в престольный праздник Рождества Богородицы настоятелем архипастырского подворья о. Алексием. 16 июня 2018 года с предстоятельским визитом Ферапонтов монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, высказавший пожелание возродить полноценную монашескую жизнь в стенах обители. Митрополит Вологодский и Кирилловский Игнатий (Депутатов), общаясь со СМИ, сообщил, что ничего точно о возрождении обители сказать пока нельзя, но если даже здесь будет открыт действующий монастырь, то это никак не будет препятствовать нахождению там же Музея фресок Дионисия. 15 октября 2018 года Священный Синод постановил открыть в селе Ферапонтово монастырь. Напоследок, стоит сказать, что Ферапонтов монастырь является памятником истории и культуры федерального значения, а также единственным на территории Вологодской области памятником Всемирного наследия ЮНЕСКО с 2000 года (объект №982).
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по святым местам". Выпуск №41, 2013 г.