В 1386 году на высоком берегу реки Неглинки княгиней Марией Кейстутьевной, супругой князя Андрей Серпуховского и матерью князя Владимира Храброго, был основан монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Вплоть до начала ХV века окрестности монастыря оставались незаселёнными. "Неглинный верх" стал активно застраиваться в ХVI веке, и именно к этому времени относится первое упоминание о храме Николы Божедомского, принадлежавшего находившейся рядом богадельне. Тогда же здесь появилась и одноимённая монастырю улица Рождественка. К ХIV веке Москва, ставшая столицей Руси и постепенно расширяющая свои границы, имела две территории, обнесённые крепостной стеной: Кремль и Китай-город, получивший название от опоясывающей его белокаменной стены.
На территории Белого города, заключающей в свои границы 542 гектара, изначально запрещалось каменное строительство. Дома и мостовые были деревянными. На берегу реки Неглинки жили ремесленники, кузнецы, мастера пушечно-литейного дела. Позже здесь поселили звонарей и сторожей соборов и церквей Московского Кремля. Так возникла Звонарская слобода. Храм Николы Божедомского был переименован, и с 1677 года упоминается в документах под названием Никола в Звонарях. С середины ХVIII века Белый город стал привлекать к себе внимание родовитых сановников и дворян. В правление императрицы Екатерины II здесь началось каменное строительство.
В 1762 году на средства графа Ивана Илларионовича Воронцова на месте старого храма святителя Николая в Звонарях начал возводиться новый каменный храм. Руководил его постройкой известный архитектор того времени Карл Иванович Бланк. Церковь, выполненная в стиле барокко, довольно скромна в применении декоративных элементов, присущих этому стилю. Вздымающийся восьмерик, стоящий на прямоугольном основании, вытянутом с юга на север, и венчающая его главка придают особую привлекательность силуэту здания. Бланку принадлежит и аналогичный по форме, но более богатый по отделке храм, построенный в подмосковном имении графа Воронцова - Вороново, и московская церковь великомученицы Екатерины на Всполье (ул. Б. Ордынка, 60/2). Строительство храма святителя Николая в Звонарях затянулось, и он был освящён лишь в 1781 году, а затем частично достраивался.
В начале ХIХ века возводится ограда, колокольня и трапезная. После пожара Москвы в 1812 году, в храме перестраиваются два его крыльцы, а также возводится новая церковная ограда в 1818 году. В феврале 1919 года в храм святителя Николая в Звонарях на должность настоятеля был назначен ревностный служитель Церкви Христовой протоиерей Александр Александрович Зверев. Его проникновенные службы и проповеди и усердное духовное окормление прихода привлекали к нему многих людей, жаждущих слова утешения и поддержки. Особо почитаемой святыней храма святителя Николая была икона Божией Матери "Взыскание погибших". Существует предположение, что образ когда-то являлся семйной реликвией графов Воронцовых. На нём изображена Пресвятая Богородица с предстоящими Ей святыми, вероятно, покровителями этого дворянского рода. Перед этим образом отец Александр совершал молебны и еженедельные акафисты.
Московские городские власти давно собирались закрыть храм. В 1933 году о. Александра арестовали и после распределения из Бутырской тюрьмы отправили в ссылку в город Каргополь. 16 ноября 1937 года протоиерей Александр Зверев был расстрелян на подмосковном полигоне Бутово. Верующие пытались обращаться к властям с просьбой сохранить храм действующим, однако их прошение не было принято во внимание. На него была наложена слудующая резолюция: "Ходатайство верующих отклонить, церковь ликвидировать. 11.03.34. П. Смидович". В конце весны 1934 года храм святителя Николая в Звонарях закрыли. Распоряжение властей гласило: "Принимая во внимание, что участок по Рождественке, 15/8 на котором находится церковь Николая, подлежит застройке жилым пятиэтажным домом Совколхозстроя, руководствуясь постановлением ВЦИК и СНК о религиозных объединениях от 8 апреля 1929 г., указанную церковь закрыть, а здание снести". Из закрытого храма выносились святыни, с икон смывали золото, С чудотворного образа "Взыскание погибших" была снята дорогая риза и украшения, а саму икону сохранили прихожане, перенося из одного действующего храма в другой. В какой-то момент икона исчезла. После долгих поисков она была найдена духовной дочерью о. Александра - выдающимся искусствоведом, доктором исторических наук Ольгой Ильиничной Подобедовой на чердаке московского храма святых мучеников Адриана и Наталии на Мещанской. Затем до 1981 года образ находился в доме Надежды Александровны Кавелиной. После её смерти родственники отдали икону в Пюхтицкий Свято-Успенский монастырь. По действию промысла Божия святыня оказалась в Эстонии, в обители, подворьем которой должен был стать после своего возрождения храм святителя Николая.
После своего закрытия церковь в Звонарях была обращена в склад. В середине 1960-х годов здание храма было передано Московскому архитектурному институту, разместившему в нём кафедру рисунка. Внутреннее убранство храма было полностью уничтожено, во двор свозился мусор. Поруганная и осквернённая, но чудом не стёртая с лица земли святыня ждала своего часа возродиться вновь. По старинной традиции многие обители имели в Москве и других крупных городах свои подворья. У Пюхтицкого монастыря подворья в Москве не было никогда. Когда в 90-х годах прошлого столетия после распада Советского Союза были закрыты границы и установлен визовый режим, богомольцам стало труднее посетить обитель. Поэтому для сохранения живой связи верующих в России с монастырём было создано его Подворье в Москве. В числе 21 храма предназначенными властями для передачи Церкви в то время, числился и храм Николая Чудотворца в Звонарях. Церковь святителя Николая в Звонарях пришлась монахине Филарете, несущей послушание в Московской Патриархии, по душе. Ей понравилось расположение и сохранность здания, а разрушения внутри него и захламлёность территории не испугали будущую настоятельницу Пюхтицкого подворья.
8 июля 1993 года рукой Патриарха был подписан указ в котором говорилось: "Считаем целесообразным образовать при храме святителя Николая в Звонарях г. Москвы, по улице Рождественка, 15/8, подворье Пюхтицкого (Куремяэского) Успенского женского монастыря. Исполняющей обязанности настоятельницы подворья назначается Нами насельница данного монастыря монахиня Филарета (Смирнова Александра Васильевна), которой поручается попечение о скорейшем возобновлении богослужебной и монашеской жизни в учреждённом Подворье". В течение полугода после подписания Святейшим Патриархом указа о создании в Москве Пюхтицкого Подворья собирались нужные документы для передачи храма святителя Николая в Звонарях Церкви. 25 мая 1994 года храм был передан, но не сразу нашлось другое помещение для размещавшейся в нём в это время кафедры рисунка Московского архитектурного института. Только 25 августа кафедра смогла переехать в другое место. Из Пюхтиц на Подворье приехали четыре сестры, присланные настоятельницей монастыря игуменьей Варварой, постепенно начали собираться и другие послушницы, которых благословляла матушка на монашество в этом святом месте.
После полного освобождения храма в августе 1994 года в нём начались внутренние работы. Уже в сентябре 1994 года, после очистки внутренней части церкви, начались работы по восстановлению масляной живописи, которой были украшены стены храма. Расчистку и подготовку под роспись стен храма помогали делать учащиеся Московской духовной семинарии, а над живописными иконами трудились художники из Строгановского училища и Иконописной школы при Московской духовной академии. Были установлены рамы на окна, постелен паркет в алтаре, покрылся мрамором пол и в самом храме. В сентябре был устроен временный иконостас в левом приделе в честь Успения Пресвятой Богородицы, и уже 17 декабре 1994 года, в день памяти святой великомученицы Варвары, состоялась первая служба, принёсшая маленькой монашеской семье много радости и открывшая собой череду богослужений, которые стали совершаться в Успенском придеде по воскресным и праздничным дням. 17 февраля 1995 года в храм вернулась его старинная святыня - икона Пресвятой Богородицы "Взыскание погибших", сохранявшаяся в Пюхтицком монастыре.
Из книги: "Московское подворье Пюхтицкого Успенского женского монастыря". - Москва. Изательство: "LBL. Полиграф-Сервис", 2004