В конце XIV века в Москву переселился сурожский купец Стефан, по прозвищу Комра. Сын его также прозывался Комра, или Ховра, а внук имел уже фамилию Ховрин. Кто-то из потомков этого рода получил во владение вотчину на речке Лихоборке, которая получила название Ховрино по фамилии владельца. В конце 16-го века здесь была построена церковь во имя Великомученика Георгия. Строил её потомок Стефана Василий Третьяков-Ховрин. Эта церковь была сожжена отступниками в Смутное время. Возродил храм могущественный боярин Василий Борисович Шереметев. К 1646 году был построен деревянный храм Святителя Николая с Георгиевским приделом, а в 1682 году - вторая летняя холодная церковь в честь иконы Божией Матери «Знамение». Страдавший многими недугами, Василий Шереметев вскоре умер, и вотчина перешла в государственную казну.
В 1700 году Ховрино по указу Петра I было подарено его сподвижнику, генерал-фельдмаршалу графу Федору Алексеевичу Головину, потомку Ховриных. По кончине графа село по наследству перешло его вдове Софье Никитичне, которая на старом ховринском погосте выстроила каменную Знаменскую церковь. В 1749 году в небольшой трапезной был устроен тёплый придел Святителя Николая, а в 1753-1754 годах - придел мученика Севастиана и дружины его. Головины заложили основы регулярной осевой планировки усадьбы Ховрино, посадили липовый парк и "плодовитый сад".
В 1811 году усадьбу приобрел князь Оболенский. К этому времени церковь уже требовала ремонта. Новый владелец собирался также расширить Никольский придел. Но его планам помешала Отечественная война 1812 года. Наполеоновские солдаты ограбили и сожгли усадьбу, осквернили храм.
В 1813 году Н.П. Оболенский всё же перестроил Никольский придел, Знаменский и Никольский престолы были вновь освящены, а Севастиановский придел более не возобновлялся. Не имея возможности восстановить сгоревшую усадьбу, Оболенский продал её в 1818 году Н.А. и Г.Д. Столыпиным. Столыпины построили новый дом в усадьбе, однако не желали ремонтировать церковь, и она пришла в ветхость. В донесении епархиальному начальству в 1825 году благочинный священник писал: "... оная церковь до того обветшала, что на настоящей Знаменской во многих местах снаружи стали показываться трещины, а на придельную Николаевскую сквозь обветшавшую деревянную крышу проходит теча, отчего на потолке сделались расселины. От исправления таковых ветхостей он, г-н Столыпин, отказался, сказав таким образом: пусть духовное начальство запечатывает церковь, а к поправлению её его никто принудить не может". Столыпины повысили годовое жалованье причту с 350 рублей до 500 и сочли себя свободными от забот об усадебном храме. Церковь чуть было не закрыли. Столыпиным всё же пришлось её немного подремонтировать, и богослужения в храме продолжались.
После Столыпиных Ховрино перешло в собственность Жемчужниковых. В 1836 году Л.И. Жемчужников, профессиональный карточный игрок, вернул причту Знаменской церкви часть церковной земли, так как платить жалованье оказалось теперь невыгодно. Постепенно храм получил в собственность всю свою исконную землю - 33 десятины.
Самая благоприятная эпоха в жизни ховринского храма наступила в 1859 году, после покупки имения московским миллионером, фабрикантом Евграфом Владимировичем Молчановым. Молчанов перепланировал парк, заново отделал главное здание усадьбы, выстроил несколько новых флигелей. Старый храм в усадьбе было решено снести. Для строительства новой церкви Молчанов пригласил в Ховрино знаменитого московского архитектора Михаила Доримедонтовича Быковского. Быковский выбрал сухое возвышенное место, которое огибалось сельской дорогой (cейчас это поворот с Клинской улицы на Фестивальную). Евграф Владимирович Молчанов скончался в 1869 году и не дожил до открытия церкви. Отделкой храма занималась его вдова, Елизавета Иосифовна. В 1879 году она продала усадьбу, но даже и после этого продолжала заботиться о Знаменской церкви.
Задуманный Быковским храм, несмотря на малые размеры, не был похож на обычную сельскую церковь. В облике храма слились черты московского барокко, итальянского ренессанса, византийского орнамента. В грандиозном ансамбле Ивановского монастыря, который Быковский строил в те же годы, и стилистически близком к нему Знаменском храме мечта о синтезе черт архитектуры разных эпох воплотилась с наибольшей последовательностью.
Высокий четверик на подклете завершён восьмериком, который окружают четыре звонницы. Пять куполов храма увенчаны золочёными маковицами. Фасады украсил белокаменный арочный фриз. Оси фасадов акцентированы четырьмя горельефами с изображениями Богоматери ("Знамение"), Спасителя, Николая Чудотворца и небесного покровителя Молчанова - мученика Евграфа. Западная паперть с венецианским окном и аркадой напоминала галереи Ивановского монастыря. Характерен для церковных построек Быковского и мозаичный пол. Рисунок пола ховринского храма отличался особым изяществом и богатой световой гаммой. Стены были облицованы искуственным мрамором светлых тонов, что скрадывало недостаток освещения интерьера. Низкий одноярусный иконостас также был отделан искусственным мрамором. Ризница Знаменской церкви считалась в округе богатейшей. Верхний, холодный Знаменский храм был освящен в 1871 году, а тёплый Никольский придел в подклете в 1874-м.
В конце XIX века Ховрино и его окрестности стали популярным дачным местом. Здась любили отдыхать многие писатели, художники, поэты. 28 сентября 1897 года в ховринской церкви Знамения венчались поэт Валерий Брюсов и Иоанна Рунт.
В 1918 году усадьба Ховрино была отнята у ее тогдашних владельцев (Грачевых). В 1923 году руководство Петровской сельскохозяйственной академии, которой передали церковную землю, потребовали закрыть храм и устроить в нём общежитие. Церковь тогда не закрыли, лишь заставили прихожан заключать бесконечные условия с властями на право "отправлять культ" и сохранять за собой церковное здание и имущество. В 1928 году разобрать храм требовали уже железнодорожники со станции Ховрино. На её месте они намеревались построить клуб. Однако это не получилось.
В 1937 году священника Знаменской церкви о. Николая еще нескольких священнослужителей арестовали и вскоре расстреляли. С тех пор богослужения в Знаменском храме проводились эпизодически, а в 1939 году церковь закрыли официально. Некоторое время опечатанный храм не трогали, унесли лишь особо ценную утварь. Старожилы помнят, что до войны купола ещё стояли, а затем начался разгром: снесли купола и звонницы, сломали три горельефа, сожгли иконы. Уцелели только две из главного иконостаса - образа Спасителя и Богоматери "Знамение", а также образ святителя Николая из нижнего храма; их перенесли в Аксиньино. Акацию вокруг церкви вырубили, территорию обнесли забором. В храме устроили фабрику для слепых, поставили станки, мозаичный пол залили асфальтом, а искусственный мрамор пропал под синей масляной краской.
В 1960 году Ховрино вошло в состав Москвы. Сельские дома снесли, кладбище ликвидировали, некогда богатый рельеф исчез под кварталами пятиэтажек и высотных домов. Церковное здание было совершенно заброшено. Почерневшее от пожара, обезглавленное, оно предназначалось к сносу: земля по проекту отходила под эстакаду будущей скоростной трассы. Фабрику закрыли, в храме разместился склад. Территорию завалили металлоломом. Но строительство трассы отложили, и церковное здание уцелело.
В 1991 году храм иконы Божией Матери «Знамение» был возвращён верующим. Назначенный в Ховрино священником Георгий Полозов со своими помощниками поднял храм из руин. В 1994 году полностью обновлён нижний храм во имя Николая Чудотворца. В верхнем Знаменском храме весной 1997 года был сделан мраморный пол и возобновлён искусственный мрамор на стенах. В церковь вернулись три иконы из аксиньинского храма.
По материалам сайта Храма иконы Божией Матери «Знамение» в Ховрине.