Преображенское кладбище и по большей части все здания на окружающих его территориях были основаны и выстроены Федосеевской старообрядческой беспоповской старопоморской общиной в 1780-1810-х гг. По большей части всё строилось как частные строения старообрядческого купца Ильи Ковылина. Но так как раскольники-старообрядцы (к каковым и относятся федосеевцы) до 1905 года были под строгим надзором Российского государства и не могли официально выстроить монастырь, то все строения Илья Ковылин официально зарегистрировал и оформил как Преображенский Богадельный Дом. Это была не религиозная, а светская организация социального профиля по уходу за больными и престарелыми старообрядцами.
Преображенский богадельный дом имел в районе Преображенского кладбища два отдельно стоящих двора - мужской и женский, а по сути - фактически 2 монастыря (хотя формально они таковыми не являлись). С 1790 года был выстроен мужской монастырь, а потом, в начале ХIХ века - женский. В мужском монастыре располагался центр Федосеевской старообрядческой беспоповской старопоморской общины, который координировал деятельность отдельных местных федосеевских приходов по всей Российской империи и даже за её пределами, печатал книги, издавал указания для федосеевцев, возводил и низлагал федосеевских наставников (руководителей местных приходов) и т. д. И вся эта обширная деятельность велась подпольно и втайне от правительства (чаще всего путём взяток и подкупа местных московских чиновников, которые закрывали глаза на деятельность раскольников).
При императоре Николае I в Преображенский Богадельный Дом была прислана независимая ревизия, которая обнаружила множество нарушений как финансовых, так и даже нашла в большом количестве экземпляры различной литературы, направленной против Российского Императора и против государства. После этого в начале 1854 году руководство - наставники Преображенского Богадельного Дома (лидеры Федосеевской старообрядческой общины) были сосланы в ссылки в разные Российские губернии. После событий 1853-54 гг. часть самых главных, беспоповских прихожан (по большей части богатых и обеспеченных купцов) Преображенского Богадельного Дома, таких как: Гучковы, Носовы, Гусаревы, Бавыкины, Осиповы и прочие, всего около 50-ти человек, изъявили желание присоединиться к Православной Церкви на правилах единоверия. Ими было написано письмо императору, и император Николай I высочайше повелел принять их в Православную Церковь, а в связи с этим на мужском отделении Преображенского Богадельного Дома повелевалось устроить единоверческий храм из бывшей Федосеевской молельни, спроектированной и выстроенной ещё в 1780-1784 гг. архитектором Фёдором Соколовым, учеником знаменитого зодчего ХVIII века Василия Баженова.
Так как беспоповцы федосеевцы, которым первоначально принадлежала молельня, не имеют Литургии за отсутствием священников и в алтарях их храмы не нуждаются, то и у этой старообрядческой молельни отсутствовали алтари. Поэтому алтарь первоначально устроен был в ней на северной стороне в трапезной части, в иконостасе которого, древние иконы были пожертвованы братьями Гучковыми из домовой их же молельни. 3 апреля 1854 года этот вновь устроенный придел был освящён по старопечатным книгам и обрядам преосвященным Филаретом, митрополитом Московским, во имя святителя Николая Чудотворца, в вечную память Государя Императора Николая Павловича, Высочайше повелевшего открыть церковь в самом главном гнезде раскола беспоповского федосеевского согласия. После этого было начато строительство пристройки к бывшей центральной молельне, кирпичного алтаря для придания всему зданию подобающей формы православного храма. 2 июня 1857 года состоялось освящение по древнему обряду тем же митрополитом Филаретом придела во имя Успения Пресвятой Богородицы, посвящение которого позже перешло на бывшую молельню, обращённую в православную церковь. Автором перестройки считается архитектор Александр Вивьен. В иконостасе главного Успенского придела иконы остались те же, какие были и раньше в этой молельне и которые, как гласит предание, основателем Преображенской общины Ковылиным были подменены и похищены из церкви святой Анастасии (теперь уже не существующей), что на Неглинной, вблизи Кузнецкого Моста, построенной на средства царицы Анастасии, супруги царя Иоанна Грозного. За допущение такой подмены священнослужители этой церкви были лишены своего сана, а Кавылин предан уголовному суду, который будучи им подкуплен, постановил следующее определение: "Так как главные виновники, допустившие похищение образов, наказаны духовным судом, а соучастник оного похищения Ковылин, скрылся, то это дело прекратить".
Как мы видим, с середины ХIХ века Успенский храм стал принадлежать и подчиняться Святейшему Синоду, т.е. Московскому патриархату РПЦ. В мае 1866 года на территории мужского двора Преображенского богадельного дома была открыта мужская Николаевская единоверческая обитель, просуществовавшая более 55 лет - с 1866 по 1923-й.
В 1923 году монастырь был закрыт распоряжением Моссовета, многие древние монастырские иконы были вывезены в Государственный Исторический Музей (ГИМ) и Третьяковскую галерею (часть монастырских икон попала в Коломенский музей). Бесценная Хлудовская библиотека, содержащая самые древние церковные книги на славянском языке, хранившиеся в обители, попала в ГИМ, часть рукописей потом попала в Библиотеку им. Ленина. На территориях женской общины и мужского монастыря было устроено коммунистическое общежитие завода "Радио". В здании монастырской приходской школы для мальчиков была устроена государственная школа начальных классов.
Храм святителя Николая (Успенский) на Преображенском кладбище чудом сохранился посреди коммунистического общежития. Но тоже претерпел значительную перестройку: внутренний объём храма был разделён кирпичной стеной на две части, так что главная (восточная) часть церкви с Успенским престолом была отделена от Никольской (западной) - трапезной части. Это преобразование было связано с расколом внутри единоверческого церковного прихода. Одна часть единоверческого прихода согласилась принять обновленческих попов и сотрудничать с Моссоветом и советской властью, а другая часть прихода категорически не хотела ничего иметь общего с новой коммунистической властью. В результате в 1920-х гг. в Никольской - трапезной части храма - с разрешения Моссовета начал действовать обновленческий единоверческий приход, просуществовавший там примерно до середины 1940-х годов, после чего в той части здания стал располагаться действующий ныне приход храма святителя Николая Чудотворца РПЦ Московского Патриархата. А вот приход, что находился в главной (восточной) части храма с Успенским престолом, какое-то время боролся с коммунистами, но в результате потерял священников и распался (часть бывших прихожан ушла к старообрядцам-раскольникам, а часть - в катакомбные раскольнические общины). Советские власти закрывали на некоторое время эту часть храма и в ней размещалась коммунальная квартира.
Старообрядцы-брачники продолжали добиваться, чтобы им выделили помещение для их служб. И Моссовет отдал им восточную часть с Успенским престолом Никольского храма на Преображенском кладбище, уже разделённую к тому времени на две неравных части. В 1930 году в главную (восточную) часть храма с Успенским престолом, с разрешения Моссовета, въехала старообрядческая беспоповская община поморцев-брачников из церкви Воскресения Христова и Покрова Богородицы в Токмаковом переулке и до сих пор существует в этой части храма. В начале 1990-х годов на всю территорию бывшего старообрядческого Преображенского Богадельного Дома (на территорию мужского и женского дворов) были оформлены документы по передаче в пользование некой Центральной религиозной организации (ЦРО) "Совет православных церковных приходов Преображенского монастыря". Нескольско лет назад поморцы-брачники пригласили неких казаков (типа старообрядческих) для того, чтобы они помогли освободить здания бывшего монастыря от организаций, поселившихся там ещё в советское время. Казаки в течение нескольких лет успешно выживали с территории всех прежних владельцев зданий, но здания не вернули поморцам-брачникам, а сами, отделившись забором от основной общины Древлеправославной поморской церкви, заняли пять корпусов и организовали там свою новую старообрядческую общину - независимую ни от кого-либо, оформив её как ЦРО (Централизованная религиозная организация). В заключение стоит сказать, что территория бывшего Никольского монастыря, принадлежавшей РПЦ до Октябрьской революции, пожалуй, осталась единственной в городе Москве, которую в течение 29 лет (с 1991 года) РПЦ не может себе вернуть.
С сайта: www.nikolapogost.ru/about/istoriya_hrama