Усилиями благоукрасителей Смоленского прихода на пути к часовне св. Ксении, у Троицкой дорожки, выросла еще одна часовня, сооруженная по проекту молодого петербургского архитектора Сергея Самусенко. Это памятный знак на месте престола храма во имя Живоначальной Троицы, за один день разобранного на кирпич по распоряжению властей в 1931 году. Именно здесь начиналась история Смоленского кладбища, здесь сменяя друг друга, в течении двух с половиной столетий, последовательно возводились три храма: сначала первая деревянная церковь Смоленской иконы Божией Матери, затем архистратига Михаила и, наконец, Живоначальной Троицы. Когда на Смоленском кладбище появился каменный храм Смоленской Божией Матери, первую деревянную церковь переделали и 8 ноября 1792 года освятили как "оспенную" во имя Архангела Михаила. В 1818 году ее отремонтировали, но наводнение 1824, от которого эта часть острова сильно пострадала, нанесло постройке ощутимый ущерб. Живописец В. Л. Боровиковский, написавший в следующем году храмовый образ (ныне в Русском музее), хотел возобновить на свои деньги церковь, однако смерть в апреле 1825 года помешала ему сделать это. Полуразрушенное здание в 1829 году разобрали, передав иконостас в дом имеретинской царицы Марии.
В сентябре того же года было заложено, а 20 декабря 1831 г. во имя Пресвятой Троицы освящено новое каменное здание, возведенное слева от Смоленской церкви по проекту В. Т. Кульченкова. В нем 13 ноября 1832 г. на хорах освятили Михайловский придел, куда перенесли убранство из старого храма. В приделе висели иконы кисти Боровиковского, чья могила находилась у входа в церковь. Через восемь дней на нижнем этаже освятили придел мучеников Сергия и Вакха. Троицкая церковь была строгих пропорций, с выпуклым куполом на невысоком барабане. Главный её фасад подчеркивал дорический портик. В 1900 году напротив храма выстроена часовня для панихид, а через три года храм подвергся основательному ремонту. Здание церкви оказалось непрочным; в 1904 началась его полная перестройка в русском стиле по проекту академика М. Т. Преображенского и архитектора И. И. Яковлева. Освящение обновленного храма совершил 21 июня 1905 года епископ Нарвский Антонин. В цокольном этаже был устроен Михайловский придел с усыпальницами, соединенный с приделом Сергия и Вакха и освященный 21 февраля 1905 года. Несмотря на довольно неудачную перестройку, здание церкви в основном сохранило живописность и компактность силуэта. Роспись храма исполнил С. И. Садиков, образа - А. Н. Новоскольцев и Ф. Р. Райлян.
Церковь была закрыта в феврале 1932 года и летом того же года снесена. Прах В. Л. Боровиковского и захоронение актера П. А. Каратыгина, находившееся у восточной стены церкви, были перенесены в Некрополь мастеров искусств на Лазаревское кладбище Александро-Невской лавры. В годы безбожия святое место постепенно превращалось в пустырь, зарастало бурьяном. По просьбе приходского совета Смоленского храма сотрудники института "Рудгеофизика" после кропотливых исследований точно установили местоположение разрушенного храма и его алтаря. Там и был заложен фундамент и началась стройка. Стройная, белоснежная, украшенная мозаичной иконой Святой Троицы работы мастеров Петербургской Академии Художеств, новая часовня была торжественно освящена епископом Тихвинским Константином в день Смоленской иконы Божией Матери 10 августа 2002 года.
Сведения о храмах Смоленского кладбища - из буклета к 200-летию Смоленского храма
