В окладной книге 1618 (?) года упоминалась церковь Богоявления Господня на Белавинском озере, в Маркове пустыне, в Катромской волости Вологодского уезда. В 1764 г. пустынь оставлена на своем содержании, в 1801 г. упразднена. При этом братия, а также все угодья, были причислены к бывшему Спасо-Каменному монастырю на Кубенском озере (названному впоследствии Спасо-Каменной Белавинской пустынью).
На Богоявленском погосте, образовавшемся на месте пустыни, в XIX веке была построена каменная Богоявленская церковь. В церкви под спудом почивали мощи прп. Марка Белавинского (Зверинский утверждал, что место его могилы неизвестно). Вторая церковь - Происхожденская, 1630 года, деревянная. Престол в честь Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня.
Возобновлённый после пожара тёплый храм во имя Богоявления Господня освящён 25 октября 1870 г.
Источники: ВЕВ. - 1870, №24, с. 561. Зверинский В. В. Материал для историко-топографического исследования о православных монастырях в Российской империи. - Санкт-Петербург, 1890. - Т. 1. - №91. Суворов Н. Несколько статистических и топографических сведений о Вологодской епархии от начала XVII столетия до настоящего времени. // ВЕВ. - 1865. - №21. - Прибавления. - С. 819. Церковно-исторический атлас Вологодской области. - Вологда: Древности Севера, 2007. - Т. 1. - С. 91, 201.