Этот храм откопали, видимо, в 20 веке и отождествили или как-то определили, что он является храмом 12 Апостолов, который, по-видимому, упоминался в каких-то древних источниках. На этом сайте о нем имеется немного информации: http://historicalcities.narod.ru/photo_nesebar_sv_apostoli.html Также он обозначен на официальной карте при въезде в город и в музее. У меня эта карта сфотографирована, но к большому сожалению ее нигде нет онлайн.
Посвящение данного объекта вызывает сомнения. Очень возможно, что храм посвящен не просто "апостолам", а именно Петру и Павлу. В данном документе она именно так и обозначается: https://pou-nesebar.org/wp-content/uploads/2012/11/POU-Nessebar-PP33-DuhPut.pdf