Храм построен в 1903 году и при постройке его именовали храмом в память Вознесения Господня. Походный (при полку) храм был учрежден в 1910 году. Он размещался в одном из казарменных зданий бывшего 5-го Туркестанского стрелкового полка, расположенных в русской части города Самарканда, недалеко от русского православного кладбища, основанного в 1900 году. В 1912 году он именовался храмом 2-ой Туркестанской стрелковой бригады. Вмещал до 300 человек, имел богатую церковную утварь и иконостас (не сохранился). По штату при храме положен один священник.

В 1930 году храм, как и многие храмы Узбекистана, был закрыт. В начале 1998 года его восстановили и освятили в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Здание храмы построено из жжёного кирпича. Имеет огромную колокольню. Особенностью храма является световая мансарда.

В городе Самарканде до 1905 года не было ни одной церкви для гражданского населения, все существующие храмы относились к военному ведомству. Покровский собор (непрерывно действующий) был построен из жженого кирпича в 1905 году по проекту инженера И.П. Лебедева. По некоторым сведениям, на месте этой церкви прежде стояла деревянная, выстроенная ещё в 1898 году, вскоре уничтоженная пожаром. В первоначальном виде территория Покровской церкви была в три раза больше нынешней и имела другие очертания. С самого начала здание собора задумывалось как комплекс, церковь-школа, и имело два отдельных входа с западной стороны, один из них вёл в церковь, а другой в школу.

В 1920 годы одна за другой закрываются церкви. Когда в итоге все храмы города были обезглавлены и закрыты, Покровский собор единственный уцелел, но у него были отняты две трети его территории вместе с принадлежащими ему зданиями и отданы под жилые постройки. В 1947 году в здании Покровского собора раскрывается крыша и надстраиваются два свето-вентиляционных фонаря (стеклянные павильоны), как дополнительные источники освещения над амвоном и над хорами, для певчих. В 1955 году в собор было проведено электрическое питание.

Книга "К истории Христианства в Средней Азии"