В 1863 году в Ургу прибыл штат консульства с конвоем из 20 казаков. Их силами было возведено здание консульства, а также непосредственно примыкающая к нему православная церковь в честь Святой Троицы, в которой 22 марта 1864 года забайкальским священником Иоанном Никольским было совершено первое богослужение. Этот день считается днём рождения Троицкого прихода. Долгое время храм не имел постоянного настоятеля, богослужения совершали приезжие священники из Забайкальской и Китайской Духовных Миссий, а также Иркутской епархии. 4 сентября 1893 года синодальным распоряжением в консульскую церковь был назначен настоятелем Николай Шастин, бывший миссионер Цакирского стана Забайкальской Духовной Миссии, служивший до 1914 года. Вторым настоятелем Троицкого прихода Урги стал иркутский священник Феодор Парняков.
В 1920 году Троицкая церковь, за исключением икон, была полностью разграблена гоминьдановцами. После взятия города российским генералом фон Унгерном в начале февраля 1921 года, Феодор Парняков, после трёхдневного допроса по подозрению в связях с большевиками, был изрублен шашками.
8 июля 2001 года митрополит Кирилл (Гундяев) освятил закладной камень храма в честь Святой Троицы. 21 июня 2009 года, в Неделю всех святых, в земле Российской просиявших, восстановленный храм был освящён секретарём Московской патриархии по зарубежным учреждениям епископом Егорьевским Марком (Головковым).