Разрешение Синодом на строительство деревянной церкви в селе Аланши было дано 03.06.1751 года. Принято считать эту дату основанием храма и села. Построенная церковь была освящена 20.03.1763 году во имя Святой Троицы. В 1820 году деревянная церковь была разобрана и перевезена в другое село. На том же месте была построена каменная церковь и второй раз главный престол был освящен во имя Свято Троицы 29.06.1836 года.
10.08.1940 года принято решение о закрытии Свято-Троицкого храма. После разборки купола и колокольни там размещались электростанция, механические мастерские, хлебозавод, продуктовый и хозяйственный магазин.
11.12.1990 года было принято решение об освобождении здания бывшей церкви. 24.01.1991 года состоялась передача здания церкви православному религиозному обществу села Алнаши. Первым настоятелем перед Пасхой 1991 года был назначен протоиерей Симеон Бояров. Он продержался недолго. 1.07.91 года был назначен новый настоятель иерей Михаил Иванов, который и по сей день является настоятелем Свято-Троицкого храма с.Алнаши.
После ремонта и росписи главного алтаря храма, Архиепископом Ижевским и Удмуртским Николаем, в третий раз был освящен главный престол в честь Святой-Троицы. Освящение состоялось 13.07.2003 года.
Знаменательное событие произошло в современной истории прихода. Весной 1994 года замироточила икона Святой Троицы это явление продолжалось длительное время, был и запах, и зеленый цвет миро. Икону обследовали духовник епархии протоиерей Виктор Максютин, бывший благочинный Можгинский протоиерей Николай Ангелич. Епархиальный секретарь референт протоиерей Сергий Хитрин. Это явление подтверждено письмом, которое подписано Архиепископом Ижевским и Удмуртским Николаем от 27.12.1994 года. Впервые в Удмуртии факт мироточения зафиксирован именно в Свято-Троицком храме с.Аланши и только в ноября 1994 года в Свято-Никольском храме села Завьялово.
Источник: сайт Ижевской и Удмуртской епархии http://www.udmeparhia.ru/arrivals/region/mozhga/mozhga_488.html