Пантелеймоновская церковь в селе Балыктуюль построена в 1899 году усердием местных учителей (их имена не сохранились). Церковь была освящена 24 июля 1899 года епископом Бийским. При храме имелся дом для священника и другие хозяйственные постройки. В 1929 - 1939 г.г. во времена гонения на церковь, храм был закрыт и частично разрушен, купола были заменены обычной крышей. В 1957 - 58 годах он был преобразован под клуб, в 1968 году его превратили в складское помещение для зерна, а с 1980 до 1993 года в помещении был краеведческий музей трудовой и боевой славы совхоза "Советский Алтай".
С апреля 1993 года в селе была организована приходская община, которая обратилась к администрации совхоза с просьбой вернуть верующим здание храма (многие годы верующие ездили креститься и праздновать великие праздники в г. Бийск). 21 июля 1993 года община была зарегистрирована. С 7 августа 1993 г., спустя 63 года после закрытия и разрушения, в Пантелеймоновской церкви стали совершаться богослужения. Храм восстанавливался общими усилиями жителей всего Улаганского района. В апреле 1997 г. храм с Божьей помощью был завершен и украшен прекрасной орнаментацией. В августе 2005 года здание церкви (предположительно - в результате поджога) сгорело. Из икон удалось спасти всего несколько: Распятие с предстоящими, Николая-Угодника, Пантелиимона. Прихожане очистили пепелище, возвели новый фундамент, и новое строительство началось весной 2006 года.