Здание, занимаемое в настоящее время церковью свв. мчч. Флора и Лавра, было построено в комплексе с основным зданием кладбищенского однопрестольного храма свт. Алексия, митрополита Московского, и являлось служебным помещением церкви. До половины 18 века Флоро - Лаврский храм находился на княжеской усадьбе между деревнями Гатьково и Пузынино, в версте с небольшим от торгового села Рогнедино (“посада”). Нужно полагать, что храм существовал еще в 12 в., при жизни княгини Рогнеды.
Долго ли существовал храм после смерти Рогнеды - неизвестно; но с достоверностью можно сказать, что церковь в селе Рогнедино возобновлена или вновь основана во второй половине 14 в., при митрополите Московском Алексии. Впоследствии церковь была перенесена с княжеской усадьбы в торговое село Рогнедино. Известно, что в 1748 году церковь была уже в торговом селе Рогнедино (“посаде”) - двухэтажная, деревянная, и вероятно, двухпрестольная,- с главным престолом- во имя Свв. мчч. Флора и Лавра, и придельным - во имя святителя Алексия. При этом же храме существовало и обширное кладбище. Этот первый приходской храм в селе Рогнедине (“посаде”) просуществовал до конца 18 столетия. С устройством в 1784 году “главного” каменного холодного Одигитриевского храма (в период гонений в сер. 20 в. был взорван) с приделом во имя свв. мчч. Флора и Лавра, - храм во имя свв. мчч. Флора и Лавра с приделом во имя святителя Алексия, за ветхостью был перестроен и стал уже называться “кладбищенским” храмом, однопрестольным во имя святителя Алексия, митрополита Московского. Этот, второй по счету на сем месте кладбищенский храм, просуществовал до 1841 года и был разобран за ветхостью. И на основании храмозданной грамоты за номером 2735 данной 13 мая 1841 года епископом Смоленским и Дорогобужским Тимофеем, помещице села Рогнедино, дочери коллежского ассесора, девице Александре Николаевне Соковниной, был основан 8 июля 1841 года на сем же месте третий по счету (с 1748 г.) теплый каменный кладбищенский однопрестольный храм во имя святителя Алексия, митрополита Московского. Этот храм был всецело устроен на средства храмоздательницы - помещицы А.Н. Соковниной; освящен же самолично преосвященным Тимофеем 6 сентября 1845 года.
Иконы иконостаса были вновь написаны на средства Соковниной, за исключением древней храмовой иконы свт. Алексия, митрополита Московского, оставшейся от иконостаса, бывшего в том храме, что до 1748 г. находился между Гатьковым и Пузынином. В начале 1900-х г.г. Алексиевский храм перестроен. Действовал до прихода гонений. В храмовом здании располагались государственные и муниципальные организации, учреждения культуры. После строительства нового «Дома культуры» здание Алексиевского храма было передано под складские помещения; в начале 1990-х г.г. в результате пожара большая часть храмового здания утрачена. От Алексиевского храма частично сохранились стены и фундамент, а также единственное уцелевшее служебное помещение. С 1991 года оба здания стали бесхозными, никем не использовались, и были отданы под вновь открывшуюся церковь святых мучеников Флора и Лавра. Церковь является памятником архитектуры.
