Деревянный храм во имя благоверных князей Бориса и Глеба известен с начала 17 века. В 1610-е годы он горел, но в 1621 году значился уже отстроенным заново. Возведён он был деревянным с приделом преподобного Пафнутия. Стоял храм в Мякишевской слободе Пафнутьева монастыря. Вокруг храма находился погост. В 1685 году храм вновь сгорел вместе со всеми предметами церковной утвари. На погосте осталась стоять только одна колокольня, рубленная на восемь углов, с пятью небольшими колоколами на ней. В том же году приходские люди из Мякишевской слободы Савелий Игнатьев, Ефим и Кирилл Девятые и Иван Якрвлев «с товарыщи» начали строить новую «древяную клецки поземную тёплую» церковь преподобного Пафнутия. Возможно, она возводилась как временная, поскольку согласно документам в 1704 году в слободе стоял уже кирпичный холодный храм, вновь наречённый во имя благоверных князей Бориса и Глеба с трапезной и южным тёплым приделом во имя преподобного Пафнутия.
В конце 18 века четверик храма надстроили и украсили пятиглавием, с запада к трапезной пристроили четырёхъярусную колокольню, придав тем самым зданию церкви законченный вид. Строительные работы производились «самым добрым мастерством», о чём и отметили в храмовой описи 1806 года. В ней также было сказано следующее: «Внутри оной настоящей Борисо-Глебской церкви царские врата с евангелистами писаны в красках. В 1-ом ярусе образ храмовой Бориса и Глеба, на нём венцы и риза чеканная сребропозлащённая, образ Николая Чудотворца без окладу, образ Пафнутия Чудотворца на нём венец и цата сребропозлащённая... Во 2-м ярусе четыренадесять господских праздников». Всего упоминалось шесть ярусов иконостаса, а в приделе преподобного Пафнутия четыре.
В 1811 году 1 апреля храму были преподнесены немалые дары: «крест благословящей сребропозлащённый черневой работы» и серебряное кадило пожертвовал московский купец Иван Иванович Капырин, «ризы парчёвые по голубой земле, на них оплечье парчёвые по земле серебряной, оплечье и около пололу и крест золотаго с травами серебренными, звезда также белой парчи...» боровский купец Яков Тимофеевич Щукин. Вполне возможно, столь дорогие подарки, как и другая утварь храма, в нашествие наполеоновской армии в октябре 1812 года были спасены. Такую надежду оставляют воспоминания священника храма Алексия Яковлева: «Вход в церковь северных дверей, хотя и был разбит, но похищения касательно ризницы, сосудов и прочих церковных вещей, внимания достойных, также не было. Потому что мною священником со старостою церковным достойные церковные вещи, все были вывозимы и паки в церковь сохранёнными доставлены». После ухода неприятельской армии прихожане заново отремонтировали и обустроили здание храма. Но в ночь на 21 июня 1889 года в нём случился очередной пожар, который уничтожил крышу, главы, кресты и интерьеры храма. Восстановление требовало больших денежных средств. Прихожане их не имели. Тогда стараниями епархиального начальства был образован Комитет по восстановлению храма, который нашёл деньги для возобновления иконостасов. Благодаря же пожертвованиям Александра Прокофьевича Смирнова, вложившего 1500 рублей, и Николая Степановича Степанова, вложившего до 600 рублей, был восстановлен внешний облик храма.
Приход в 1916 году был небольшой, всего 16 домов, в которых проживали 36 мужчин и 50 женщин. Старообрядцев на территории прихода числилось больше: 89 мужчин и 96 женщин. Доход храма в это время складывался из суммы аренды за пахотную землю и процентов с неподвижеого капитала в размере 3979 рублей 12 копеек, хранившегося в кредитных учреждениях.
В 1929 году храм закрыли, разместив здесь зернохранилище. С начала 1920-х годов храмовое здание состояло на учёте Отдела по делам музеев Главнауки НКП. Возможно, какое-то время в нём находился и музей. Оккупировавшие в октябре 1941 - январе 1942 годов город немецко-фашистские части устроили в здании храма склад снарядов и мин. После освобождения Боровска войсками Красной Армии храм вновь приспособили под зернохранилище. В 1962 году здание находилось ведении райпотребсоюза, разместившего здесь свои склады. С 1960 года зданию храма был дан статус памятника федерального значения. В 1985-1993 годах Боровским реставрационным участком под руководством А.Л.Денисовой была проведена и его научная реставрация. В 1992 году храм во имя благоверных князей Бориса и Глеба вернули Русской Православной Церкви, а в 1997 году в нём открыли приход.
Святые свидетели вечности: храмы и монастыри Боровска. Автор-составитель Лошкарёва Н.П. Калуга: Золотая аллея», 2010.