Церковь была построена сразу после пожара, возможно в том же 1519 году. Церковь была однопрестольной, богослужения в ней совершались в зимнее время. Она просуществовала около 300 лет, до 1841 года.
Впервые в документах эта церковь упоминается в Писцовом описании монастырских вотчин в Заозерской половине Вологодского уезда 1627 – 1630 годов: «В Закушской волости монастырь Александрова Пустынь на р. Куште – церковь холодная во имя Успения Пречистой Богородицы, в приделе престол преподобного Александра Куштского чудотворца, другая церковь тёплая, с трапезою, великого Чудотворца Николы, деревянная. А в церквах Божия милосердия образы, и книги, и ризы, и поникадила, и свечи местные, и сосуды церковные, и на колокольне колокола и всякое церковное строение монастырское».
На 1833 год в Александро-Куштской «пустыни имеются две церкви и колокольня, строением деревянныя, из коих одна холодная Успения Божией Матери с приделом преподобного Александра, довольно крепкая; другая святителя Николая – ветхая. Утварью церковной, ризницею и книгами нужными для богослужения сия пустынь достаточна». Обеим церквам к тому времени было около 300 лет, поэтому сразу возник вопрос о строительстве новой каменной церкви.
16 февраля 1834 года было выдано разрешение на строительство новой церкви, 6 мая 1835 года выдана храмозданная грамота и утвержден план строения. В том же 1835 году церковь была возведена. Эта церковь сохранилась, в настоящее время действующая.
Построена она не на месте старой деревянной церкви святителя Николая Чудотворца, это подтверждается документами 1835 – 1841 годов: в эти годы в пустыни упоминаются три церкви – деревянная Успенская, старая деревянная святителя Николая и новая каменная двухэтажная святителя Николая. Новая церковь была построена рядом с деревянной церковью Успения Божией Матери, на месте разобранного ее правого придела, над могилой преподобного Александра Куштского. Верхний этаж церкви – летний храм, нижний – зимний храм. Место погребения преподобного Александра находится в нижнем храме у левой стены, рядом с солеей.
«Верхний престол освящен в честь преподобного Александра в 1836 году. Иконостас и образа новые, живописной работы. Слева, возле стены, стоит старая рака, местами золоченая, с балдахином и прочими украшениями. В нижнем этаже готовится быть церковь святителя Николая, пока не отстроена. Паперть двухэтажная, каменная. На ней в 1837 году будет начата каменная колокольня, для нее уже изготовлен кирпич».
Упоминается в 1836 году и старая деревянная церковь: «деревянная церковь святителя Николая ветхая, богослужения в ней не проводятся». Окончательно она была разобрана в 1841 году. Место, где стояла церковь, неизвестно.
В 1837 году над папертью новой церкви была возведена каменная колокольня, в 1838 году на ней установлен железный шпиль. Колокола были взяты со старой деревянной колокольни, всего 7 штук: большой 52 пуда, два по 15 пудов, четыре по 3 пуда. К 1839 году и нижний теплый храм святителя Николая Чудотворца был действующим.
В 1848 году «выкрашена крыша на церкви и колокольне ярью на масле. В нижнем храме в алтаре оштукатурен накат и покрыт колером».
Между 1848 – 1853 годами Александро-Куштский монастырь посетил историк-писатель Андрей Николаевич Муравьев. Вот как он описал церковь святителя Николая: «Каменная двухъярусная церковь пристроена на место южного отсеченного крыла соборного, над самою гробницею преподобного, которая сохранилась неприкосновенно, ибо тут и прежде был придел. Верхний престол во имя Александра Куштского; там с левой стороны иконостаса поставлена медная позлащенная рака с его священным ликом на гробовой доске. Над ракою чудотворная икона Печерской Божией Матери, быть может, его келейная, ибо к ней искони питают особенное усердие, и тут же приписаны, вероятно уже впоследствии, преподобные: Александр, Зосима и Савватий, и священномученик Антипа. На стене поверх раки изображены все пустынножители дремучих лесов и дебрей Вологодских и Белозерских общим молитвенным сонмом, припадающие к ногами Спаса; умилителен братский собор их в таком диком уединении над гробом их сподвижника, как бы во свидетельство взаимной любви и памятования друг о друге, каждого на месте их подвига, пред общим их Господом. С сердечною любовию припал я к раке преподобного и просил блюстителя его гроба отслужить молебен пред ликом всех его чудотворных собратий».
В 1866 году «в каменной теплой Николаевской церкви, где почивают под спудом мощи преподобного Александра Куштского, провалился в значительном объеме каменный плитяный пол на 2 аршина в глубину в воду по причине открывшегося на том месте ключа или родника». Чтобы восстановить храм настоятель монастыря обращался через «Вологодские епархиальные ведомости» к вологжанам с просьбой о финансовой помощи на устранение родника, «которого течению необходимо дать правильное направление в сторону, через устройство деревянной трубы ниже церковного фундамента, чтобы чрез это утвердить в сем храме пол, избавить от повреждения церковный фундамент и стены и уничтожить внутри церкви вредную сырость». В 1867 году храм был восстановлен и вновь освящен.
Описание 1887 года:
«В каменной церкви на втором этаже холодный храм преподобного Александра Куштского. В алтаре: завеса красная, запрестольный крест с Распятием Господа с Предстоящими, на другой стороне – Архангел Михаил и Смоленская икона. Иконостас двухярусный, выкрашен голубой краской, карнизы и порезки вызолочены. Царские врата резные золоченые с иконами Благовещения и четырех Евангелистов. Иконы по правую сторону: Спаситель с Херувимами, Рождества Христова, на южных дверях пророка Илии, за дверями преподобного Иоасафа Каменского и Василия Блаженного. Иконы по левую сторону: Богородица с Предвечным Младенцем, Богоявления Господня, на северных дверях пророка Моисея Боговидца, за дверями святителя Николая Чудотворца. Второй ярус: над Царскими вратами Тайная вечеря, справа от нее – Воскресения Христова, Входа Господня во Иерусалим, Сретения Господня, слева – Вознесения Господня, Введения во храм Богородицы, Благовещения, Рождество Богородицы. Иконы в прочих местах: две хоругви на шелковой материи (с изображением у правого клироса Воскресение Христова / святитель Николай, у левого клироса Богоявления Господня / Казанской иконы); за правым клиросом в киоте за стеклом Божия Матерь «Блаженное Чрево» с предстоящими священномучеником Антипой, преподобными Александром, Зосимой и Савваатием Соловецкими; за левым клиросом афонская икона великомученика Пантелеимона в киоте за стеклом; в киоте за стеклом годовые лицевые святцы. В каменной церкви на первом этаже теплый храм святителя Николая Чудотворца. В алтаре: завеса красная, запрестольный крест резной, справа Распятие Господа в клеймах с событиями, предшествовавшими Распятию, слева – Воскресение Господа с явлениями Его и икона Троеручицы. Иконостас одноярусный, выкрашен красной краской, карнизы и резьба золоченые, карнизы поддерживаются шестью коваными круглыми, крашеными под мрамор, колоннами. Царские врата резные золоченые, с резными изображениями: в середине Благовещение с Херувимами в сиянии, по краям 4 Евангелиста. Иконы по правую руку: Господь Вседержитель, святитель Николай в чудесах, Успение Божией Матери. Иконы по левую руку: Богородица с Предвечным Младенцем, преподобный Александр Куштский в чудесах, Богоявление Господне. Иконы в прочих местах: на правой стене Спаситель с предстоящими святителем Николаем Чудотворцем и преподобным Александром Куштским; «Неопалимая Купина» (старинная), за клиросом створная икона двунадесятых праздников, на створках Архангелы Михаил и Гавриил; на левой стене ростовая икона преподобного Александра Куштского; Спаситель с предстоящими Вологодскими чудотворцами; Благовещение (старинная). Рака над мощами преподобного Александра. У северной стены медная, чеканной работы, с изображениями по сторонам из жизни преподобного. Наверху ростовая икона преподобного (древнего письма). При раке вериги железные и деревянный костыль преподобного. На раке две маленьких иконы – Владимирская и священномученик Антипа».
В 1893 году на стенах верхнего храма были сделаны 15 больших живописных клейм, возможно тогда были расписаны и стены в притворе. 9 июня 1893 года храм вновь освящен.
Описание 1893 года: «Каменная двухэтажная, двухпрестольная церковь с каменною над папертью колокольнею построена в 1835 году, при настоятеле Ионе. Имеет 11,5 сажень длины и 5 сажень с аршином ширины. Северная часть церкви, устроенная на месте отломанного по ветхости правого крыла Успенской церкви, соприкасается с ее южной стеной. В нижнем этаже престол во имя святителя Николая Мирликийского. Место погребения преподобного Александра у левого клироса, ограждено иконами снизу до самого наката. В верхнем этаже престол во имя преподобного Александра, в нем на месте левого клироса под балдахином устроена медная посеребренная гробница. Около нее служат молебны. Иконостасы в обоих этажах нового устройства, равно и иконы нового письма. В паперти верхней церкви обращает на себя внимание старинный образ Страшного суда особенностью рисунка». К 1909 году над местом погребения преподобного Александра установлена металлическая рака с изображением угодника в полный рост.
В 1922 году из церкви изъяты церковные ценности (богослужебные принадлежности). В мае 1924 года монастырь был закрыт, церковь оставалась действующей еще 9 лет.
Описание 1927 года: «церковь построена в 1835 году. Каменная, двухэтажная. Снаружи отбелена, внутри оштукатурена и окрашена масляной краской с клеймами. Покрыта железом. Одна большая глава и четыре малых. 14 окон, 1 наружная дверь, 2 – внутренних. При церкви двухярусная колокольня со шпилем». Церковь оценена в 11 200 руб.
В 1932 году богослужения в церкви прекращены, здание передано под хозяйственные нужды Усть-Кубинского инвалидного дома, открытого на территории монастыря.
В 1948 году верхний этаж церкви святителя Николая Чудотворца использовался под жилое помещение для инвалидов, нижний – под склад и столовую.
На 1956 год церковь еще являлась памятником архитектуры, об этом свидетельствует заявление заместителя заведующего областным отделом соцобеспечения начальнику областного отдела по делам архитектуры: «Районный пожарный инспектор Усть-Кубинского района предписанием от 5.04.1956 года предложил Усть-Кубинскому дому инвалидов выпилить металлические решетки в здании бывшей церкви (каменное здание). В связи с тем, что здания бывших церквей Усть-Кубинского дома инвалидов являются памятниками архитектуры, просим Вашего разрешения на выпиливание металлических решеток».
Возможно после того, как в 1962 году была вывезена в Вологду деревянная церковь Успения Божией Матери, церковь святителя Николая прекратила быть памятником архитектуры. Возможно это случилось позднее, но со второй половины XX века до 2014 года она использовалась как баня и прачечная Усть-Кубинского психоневрологического интерната. К церкви была сделана деревянная двухэтажная пристройка, нижний ее этаж выполнял функцию предбанника, на втором этаже сушили выстиранное белье.
В 2014 году Усть-Кубинский психоневрологический интернат был закрыт, баня-церковь осталась заброшенной. С тех пор к месту погребения преподобного Александра Куштского ежегодно стали совершаться крестные ходы из храма святителя Афанасия Александрийского и паломничества из Вологды и других городов.
В 2015 году Александро-Куштский монастырь был приписан к Спасо-Каменному монастырю. В сентябре 2017 года на территории бывшего Александро-Куштского монастыря открыто архиерейское подворье «Свято-Успенский Александро-Куштский монастырь», началось восстановление церкви.
В 2018 году была сломана деревянная пристройка церкви, на первом этаже разобрана печь с котлом, на втором – разобраны заложенные кирпичом окна.
В 2019 году на втором этаже церкви были установлены пластиковые окна, на первом этаже разобраны перегородки советского периода, демонтировано межэтажное перекрытие, расчищены завалы после демонтажа и вынесено печное оборудование из нижнего алтаря церкви.
В 2020 году восстановлено межэтажное перекрытие церкви, демонтировано и восстановлено межэтажное перекрытие паперти, проведено электричество и отопление. На втором этаже оштукатурены стены, сделаны полы и потолки и установлен иконостас. На первом этаже забетонирован пол. 22 июня 2020 года верхний храм был освящен малым чином в честь преподобного Александра Куштского, в нем совершена первая Божественная литургия, приуроченная к 600-летию Александро-Куштского монастыря.
В 2021 году сделана новая внутренняя деревянная лестница в паперти церкви, на первом этаже разобраны заложенные кирпичом окна и оштукатурены стены, установлены деревянные окна, заложены дверные проемы на северной стороне церкви на первом и втором этажах.
В 2022 году восстановлена кровля церкви, установлен и освящен крест на куполе, сделаны полы и потолки на первом этаже, произведена вычинка, штукатурка и покраска церкви снаружи, сломано кирпичное здание кочегарки перед парадным входом в церковь. 22 мая 2022 года в нижнем храме совершена первая за 90 лет Божественная литургия.
В настоящее время церковь действующая. Богослужения совершаются в верхнем храме.
https://alexanderkushtskiy.ru/nikolskiy.html
