Необходимость в создании гимназического храма возникла почти сразу после появления самой гимназии в 1990 г. Под храм было решено отдать бывший физкультурный зал здания (само здание представляет собой типовой детский сад).
21 мая 1993 года было совершено малое освящение гимназического храма во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Храм был приписан к приходскому храму свв. апп. Петра и Павла в Ясенево. С сентября 1993 года в храме начали регулярно совершаться богослужения по воскресным и праздничным дням. В 2015 году приписан к новопостроенной Покровской церкви в Ясеневе.
Храм во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова - домовый храм православной гимназии «Радонеж». Его трудно заметить снаружи: нет над ним купола, не выдается вперед полукругом алтарная апсида. Но, тем не менее, храм в гимназии есть, хоть и расположен он в бывшем спортзале типового детского сада. Как храм из неотремонтированного помещения без подсвечников, без особой утвари, с алтарной преградой, сколоченной из детских шкафчиков, со свисающими с потолка канатными крюками, превратился в благообразную домовую церковь — это отдельная история. Над «преображением» храма трудилось несколько поколений выпускников гимназии, большую лепту в создание храма внесли и прихожане. С сентября 1993 г. в храме начали регулярно совершаться богослужения. Первым настоятелем стал первый директор гимназии, иерей Алексий Сысоев.
В феврале 2007 г. иерей Артемий Сахаров, клирик храма Всех Святых в Красном Селе, вскоре после своего рукоположения в сан был назначен настоятелем гимназического храма. С этого времени в гимназии снова возобновляется традиция регулярного участия школьников в богослужениях. Каждая учебная неделя начинается с молебна. Дети принимают участие в воскресных и праздничных литургиях: читают на клиросе, помогают петь, мальчики прислуживают в алтаре. С 2015 г. приписан к храму Покрова Пресвятой Богородицы в Ясеневе.